MRI在肝癌定位诊断中有超过CT的趋势，其诊断准确率高达87.67%。MRI的分辨率很高，软组织对比度良好，不同的组织有不同的信号特点，更容易发现早期肝癌病变。
肝癌很多情况下是从肝炎发展转变过来的，从肝炎到肝硬化的再生良性结节到癌前病变的不良结节再发展到肝癌，在什么情况下良性结节才发展成肝癌呢?超声甚至CT都不太容易判断，但是MRI的分辨率较高，容易作出诊断。
另外，肝癌手术以后肿瘤是否完全切除干净了?或者肿瘤有没有合并其他周围的情况，因为肝脏是非常丰富的血供站，周围很容易形成血管瘤栓，肝炎转变成肝癌有时不光就一个病灶，可能有好几个病灶，MRI能够发现这些细小病灶。
MRI与CT比较，其特点有：①能获得横断面、冠状面和矢状面3种图像;②对软组织的分辨率优于CT;③无放射线损害;④对良恶性肝内占位，尤其与血管瘤的鉴别可能优于CT;⑤无需增强即能显示门静脉和肝静脉分支。