由于CT空间分辨率较低，除横断面以外的各平面图像重建质量差以及平均容积效应等因素，CT诊断胸部疾病有其局限性，表现在
1、小病灶由于平均容积效应的影响，其CT密度与实际相差较大，因而不能真实反映病变的特征。薄层扫描虽有一定帮助，但仍不能完全消除这种影响。
2、密度相差较大的相邻结构边缘失真或变形对诊断有一定影响。
3、横断面以外各平面图像重建质量较差，使CT在这些轴线上不能准确分辨病灶的边界。
4、CT对气管、支气管和食道粘膜病变的敏感性极低。
5、由于扫描时呼吸不均匀，有时可使某些病变所在层面漏扫，造成漏诊。