MRI检查具有三维显像、分辨率高、显像快、不需碘造影剂、无放射性损害、无创等优点。使用其检测肾功能能够消除其他检查法的缺点。MRI尤其适用于儿童、肾移植术前检查与术后监测等情况。
对儿童行MRI肾功能检查，造影剂从皮质进入髓质的时间变化与24h尿Cr变化呈线性相关，由此认为MRI可以用于肾功能检查。对成人行MRI肾功能检查，大剂量造影剂增强的MRI同样可清晰、准确地显示肾功能的变化，临床效果优于IVU、同位素肾图。
MRI检查可用于检测肾功能、行肾血管造影，同时提供解剖信息，且分辨率高、不需碘造影剂、无放射性损害、无创伤。因此，以MRI监测肾移植术后并发症的方法优于其他检查法。用MRI监测肾移植术后并发症，结果显示，MRI对急性肾小管坏死的检出率高达92.3%，其表现为皮质增强程度轻度下降及出现单相髓质增强;对急性排斥反应的检出率高达100%，其表现为皮质与髓质的增强程度均明显下降。使用MRI监测肾移植术后环胞素A中毒病人，结果显示，环胞素A中毒可通过降低肾皮质灌流诱发急性排斥反应，其表现为MRI初始期平均信号强度降低与终末期稳态信号强度降低。因此，MRI有助于诊断环胞素A中毒。