越来越多的乳腺癌高危妇女接受MRI检查。因此，发现了许多不能在钼靶和B超图像上显示出来的病灶，于是近年来诞生了一种新技术———MRI引导下的手术。主要有5种方式：MRI引导下的细针定位切除活检，MRI导下的细针穿刺吸取活检，MRI引导下的空心针穿刺活检，MRI引导下的高频超声切除和MRI引导下的真空辅助切取活检。
MRI引导下的细针定位切除活检应用最早也最广泛，成功率为98%-100%。肿瘤检出率从31%到73%，且半数以上为导管内癌。MRI引导下的细针定位切除活检技术的出现，使得对MRI发现可疑病灶的诊断成为可能。但该技术面临许多挑战：需要特殊的MRI兼容设备；病人需移出磁场后再行活检操作过程；目标在活检过程中会随着时间延长、造影剂流出而变得模糊，甚至消失；对贴近胸壁的病灶无能为力；对位于乳腺内侧的病灶操作困难；伪影使病灶变得模糊；确定病灶是否被取出有一定的困难，因为病灶不会在体外被造影剂增强；活检后需要在腔内置标志物。
MRI引导下的真空辅助切取活检操作快速、安全，创伤较小，有仅次于切取活检的准确率。报道称MRI引导下的真空辅助切取活检可检出超过30%的恶性肿瘤。
近年来有数家机构开展了MRI淋巴结造影并同时行MRI引导下的前哨淋巴结活检的研究。在04年的美国肿瘤年会上，相关研究也有报道。该方法安全、快速、准确、无辐射、损伤小，有希望取代常规的前哨淋巴结活检。特别是应用新辅助化疗病人的化疗前腋淋巴结情况评估时，更可提供准确的分级情况。不过该技术正处于刚刚起步阶段，非常不成熟，有许多技术上的困难正待解决。