与钼靶相比，MRI应用于乳腺疾病诊断的范围更广：钼靶摄片对于腺体致密的乳房内的病灶显像很不明显由于拍摄方法的限制，钼靶对位于乳房深部、贴近胸大肌的病灶检出率也不高。MRI则不受病灶位置和周围腺体致密程度的影响。钼靶应用于普查，发现了许多早期乳腺癌，绝大多数是表现为钙化的导管癌或导管内癌。但对于没有钙化的小叶癌，钼靶无能为力。而MRI对小叶癌和小叶原位癌有着很高检出率，这使MRI成为目前公认最敏感的发现小叶癌的影像学方法。钼靶摄片应用于高危妇女普查，发现了许多直径在0.5-1cm之间的T1b期病人，但对<0.5cm的病灶常无能为力。MRI可为发现这类T1b期病人提供很大帮助。对于有乳房手术史或放疗史的妇女，由于组织增生或疤痕挛缩等原因，钼靶片上常出现结构扭曲或放射状瘢痕等征象，很难与恶性病灶鉴别。而MRI的动态显像功能可为识别是否存在恶性肿瘤提供帮助。与钼靶相比，MRI还有许多优势：它可提供乳房不同断层的影像而不是简单的投影；MRI无放射性，不致癌，使用无年龄限等。
MRI作为一个乳腺非常规检查手段，存在一些不足之处。如费用昂贵、扫描时间长、病人顺应性差。安装了心脏起搏器或乳房内有金属异物者不能行MRI检查。MRI 虽然敏感性非常高，但它对导管内癌的检出率不如钼靶。MRI对导管内癌敏感性为45%-95%,特异性为51%-72%。MRI 对导管内癌不如对其他乳腺疾病敏感的原因是导管内癌常伴随钙化灶的出现。因此，很容易被钼靶片发现，但钙化灶在MRI图像上表现不明显，易被忽视。这也是MRI尚不能取代钼靶作为普查工具的原因之一。