1、肺部疾病的定性问题：CT检查对病灶的发现及定位诊断都比较可靠，而对肺部疾病的定性，尤其是良性或恶性的鉴别诊断上有一定的困难，这是因为CT诊断同样是依靠影像手段来诊断，但肺部疾病CT征同样也存在着“同病异征"及”异病同征“的现象，很少有明显的特异性现象可供诊断的依据，因此胸部病变的误诊是有发生，肺部诊断占胸部疾病误诊的69%-70%。
2、支气管疾病的诊断问题：CT图像对于支气管狭窄或支气管内肿瘤的完整形态显示不如普通X线断层及支气管造影;对于支气管扩张常不能确定具体解剖部位及范围。
3、血管性病变的诊断问题：平扫对诊断无显著作用，增强扫描也只能提供初步意见。
4、小病灶检出率问题：平扫对诊断无显著作用，增强扫描也只能提供初步意见。
5、纵膈疾病的诊断问题：纵膈疾病最宜做CT检查，但对过于消瘦而缺乏脂肪的患者，CT平扫图像难以暴露纵膈各层次的解剖结构，需增强扫描加以辨认。