完整的水族箱需要具备水生动植物等维生系统，主要包括过滤系统，照明系统，温控系统，增氧系统。消毒系统等。其中最重要，结构最复杂的便是过滤系统。这也是水族箱成本最高且必不可少的核心部分，养殖用水中有害的物质包括鱼的新陈代谢废物，残饵等都要靠过滤系统滤除。水族箱具有完备的过滤系统，才能维持良好的水质环境。
水族箱中的过滤方法主要有两种。生物过滤法和机械过滤法。生物过滤法主要指在生物循环过滤系统中培养不依附氧气生存的厌氧性细菌和以氧气生存的好氧性细菌.以氧化分解和还原分解的作用，使饲养水质达到养殖标准的过滤系统。机械过滤法主要指利用潜水泵、管道泵，过滤泵等作为水推动力把水族箱内悬浮的微小物质与循环水分离。
根据水族箱过滤系统在水族箱中的位置。通常分为外置过滤系统和内置过滤系统。前者多用于中.大型水族箱：后者一般用于小型水族箱。根据水族箱的需要可以放置在水族箱的任何位置。外置过滤系统根据安装在水族箱中位置的不同。又可分为缸上过滤槽和缸下过滤槽。侧面过滤槽等。说到水族箱的过滤系统自然离不开过滤材料。目前常用的过滤材料有过滤棉、活性炭。砂石。生物过滤球等。
过滤棉通常为一种人工合成的材料。如海绵、膨松棉等。性质稳定。具有过滤残饵、类便等大颗粒物质的作用。
活性炭是一种具有酸碱中和功能的过滤材料。它最大的优点是可以使养殖用水的酸碱度趋于中性，防止锦鲤鱼，酸中毒或碱中毒，同时，活性炭还可以有效去除水族箱中的气泡和小分子化合物，与过滤棉相似，可去除许多过滤棉无法去除的污染物。鉴于活性炭的众多优点，使其成为水族养殖中最常用、最重要的过滤材料。
砂石也是一种有效的过滤材料.性质也比较稳定，主要包括大颗粒的溪砂和石英砂等。
生物过滤球是一种由高级塑料制成的滤材，球形，直径通常为2-3厘米，球内具有很多孔。表面积通常为2平方米。具有存贮氧气和培养大量消化细菌的作用，这种滤材多用于滴流式过滤器中。
锦鲤由于体型较大。耗氧量大。生活在水族箱有限的空间中，必须要正置较好的增氧系统以改善生活环境。否则，会导致水质败坏、恶化，致使锦鲤因缺氧而“浮头”，甚至死亡。