蛤蚧的敌害主要有蚂蚁、蛇、鼠、鸟、猫等。蚂蚁虽小但能咬伤蛤蚧，影响其蜕皮，以至于伤口糜破。蛇、鼠、鸟、猫等捕食蛤蚧，造成直接威胁。
１）蚂蚁的防治蚂蚁的防治方法很多，这里介绍几种。①建造蛤蚧饲养房时，墙壁要用水泥砂浆抹严实，不留一点缝隙，防止蚂蚁钻入。②在蛤蚧饲养室、饲养场四周修一个深１５厘米、宽２０厘米的水沟，水沟里经常注满水蚂蚁就不能进入了。③在蛤蚧饲养室外用生石灰撒一条１５～２０厘米宽的石灰带，蚂蚁也不能进入。③在蛤蚧饲养室外用生石灰撒一条１５～２０厘米宽的石灰带，蚂蚁也不能进入。④用氯丹粉１份、黏土４份混合，以水调成泥浆，在饲养室外墙根四周涂一条宽２０厘米的环带，蚂蚁到墙根由于药物的作用，就不再接近墙根了。⑤用蚂蚁灵加麦麸在蚂蚁发生时，在蛤蚧饲养室或饲养场周围撒一条宽２０厘米的带，也可以阻止蚂蚁进入。⑥一旦在蛤蚧饲养室或饲养场发现蚂蚁出没，可以用一些鲜动物骨头放置在里面，蚂蚁嗅到骨头的腥味，就会寻来啃食，这时将鲜骨取出，用开水将蚂蚁烫死。
２）蛇、鼠、猫等敌害防治蛤蚧饲养室或饲养场的墙根、墙壁要用水泥砂浆抹严密，门和窗户都要设纱门、纱窗，防止通风透气时这些敌害进入。