来源：iNature Life（ID：iNature_Lifes）
食道癌（EC）是一种没有临床相关分子亚型的侵袭性癌症，阻碍了有效治疗策略的制定。
2021年8月16日，来自汕头大学许燕丽、李恩民和厦门大学刘文等研究团队在Nature Communications上在线发表了题为“Large-scaleand high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling definesmolecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting”的研究论文，为了定义食道癌的分子亚型，对食道癌肿瘤和邻近的非肿瘤组织进行了基于质谱的蛋白质组学和磷蛋白组学分析，揭示了食道癌中失调的蛋白质和磷酸化位点。
食道癌（EC）是最具侵略性的癌症类型之一，在中国是癌症相关死亡的第四大原因。尽管在过去的几年里，治疗方法有了很大的改善，但食道癌的5年总生存率（OS）仍然在15-25%之间；患者主要受益于早期诊断。
已经进行了一些EC的基因组分析，将基因组改变与表型联系起来，揭示了几个驱动基因，如TP53、RB1、ZNF750、NOTCH1、FAT1和NFE2L2，其突变频率很高。基因组改变主要转化为蛋白质水平的变化，蛋白质功能通过翻译后修饰（PTMs）进一步调节。蛋白质水平和PTMs都是决定细胞表型的主要因素。因此，蛋白质组学和磷蛋白组学分析可能为肿瘤生物学提供额外的见解，而这些见解无法通过基因组分析来解读。
大规模的、基于质谱（MS）的蛋白质组学已经为结肠癌、卵巢癌、乳腺癌、胃癌和肝癌患者确定了新的癌症亚型和治疗目标，并提供了宝贵的资源，扩展了对这些癌症的理解。然而，EC的蛋白质组学特征还没有在一个大的患者群中得到体现。此外，与乳腺癌和胃癌不同的是，还没有发现基于蛋白质组学研究的EC分子亚型，以帮助患者分层和治疗的发展。
该研究对124个配对的EC肿瘤和相应的邻近非肿瘤组织（队列1）进行蛋白质组学分析。基于蛋白质组学分析，EC队列被分为两个分子亚型--S1和S2，其中S2亚型的特点是剪接体和核糖体蛋白的上调，并且更具侵略性。蛋白质组分析揭示了一个蛋白质目录、磷酸位点和在ECs中失调的途径。此外，蛋白质组分型确定了两个与病人生存有关的亚型，由ELOA和SCAF4组成，并构建了一个亚型诊断和预后模型。通过功能实验预测并验证了几种针对恶性亚型S2的潜在药物，这可能为改善EC的治疗效果提供新的治疗机会。
综上所述，蛋白质组学分析确定了EC的分子亚型，从而为改善EC患者的疾病预后提供了潜在的治疗前景。构建了亚型的诊断和预后模型供临床使用。
参考文献：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-25202-5
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