电泳速度与电泳迁移率是两个不同的概念，电泳速度是指单位时间内移动的距离(cm/t)，而迁移率是指单位电场强度下的电泳速度.但二者又是密切相关的，电泳速度越大，迁移率也越大。影响电泳速度的因素有较多，如样品、电场强度、缓冲液、支持介质等。
(—)样品
被分离物的带电荷量多少和电泳速度的关系成正比。带电荷量多，电泳速度快，反
之则慢。此外，被分离物质若带电量相同，分子量大的电泳速度慢，分子量小的电泳速度快.，故分子大小与电泳速度成反比。球形的分子要比纤维状的分子速度快。
(二）电场强度
电场强度和电泳速度成正比关系。电场强度以每厘米的电势差来计算，也称电势梯度。如纸电泳的滤纸长15cm，两端电压（电势差）为150V，则电场强度为150/15=10V/cm。电场强度愈高，则带电粒子的移动愈快。电压增加，相应电流也增大，如过大，易产生热效应，使蛋白变性而不能分离。如高压电泳（电场强度>50V/cm)必需加装冷却系统。
(三）缓冲液
缓冲液的pH值各种氨基酸和蛋白质均具有不同的等电点。当缓冲液pH值处于氨基酸和蛋白质的等电点，则它们处于带正负电荷相等的等电状态，在一定电场下，不会向正负极移动。当pH值大于等电点时，氨基酸和蛋白质带负电，向正极移动。根据各种氨基酸和蛋白质的等电点不同，用固定pH值（如pH8.6)的巴比妥缓冲液，加上一定电场，使各种氨基酸或血清蛋白进行分离。凡氨基酸或蛋白质等电点与缓冲液pH值远离较大的，带电荷就越多，电泳速度就快，反之电泳速度就慢。
缓冲液的离子强度离子强度对电泳的影响是：离子强度低，电泳速度快，分离区带不易清晰；离子强度高，电泳速度慢，而区带分离清晰。离子强度过高，则降低蛋白质的带电量（压缩双电层），使电泳速度减慢。所以常用离子强度为0.02〜0.2之间。
(四）支持介质
对支持介质的要求是应具惰性较大的材料，且不与被分离的样品或缓冲液起化学反应。此外，还要求具有一定的坚韧度，不易断裂，容易保存。由于各种介质的精确结构对一种被分离物的移动速度有很大影响，所以对支持介质的选择应取决于被分离物质的类型。
吸附支持介质的表面对被分离物质具有吸附作用，使分离物质滞留而降低电泳速度而出现样品的拖尾。由于对各种物质吸附力不同，因而降低了分离的分辨率。纸的吸附性较大，醋酸纤维薄膜的吸附作用很小。
电渗在电场中，液体对固体的相对移动称为电渗（图3-13-8)。它是由缓冲液的水分子和支持介质的表面之间所产生的一种相关电荷所引起。由于水是极性分子，如果滤纸中因含有羟基使滤纸表面带负电荷，则与滤纸表面接触的水分子就会以带正电荷的一极与滤纸接触，水分子向滤纸方向移动。由于电渗现象与电泳同时存在，所以电泳时被分离物质的电泳速度还要受电渗的影响。如血清蛋白低压电泳，在巴比妥盐缓冲液pH为8.6、离子强度为0.06的条件下进行，蛋白质的移动方向与具有电渗现象的水溶液移动方向相反，蛋白质泳动的距离等于电泳泳动距离减去电渗的距离，电泳速度减慢。如果二者移动方向相同，蛋白质泳动距离是二者之和，则电泳速度加快。用琼脂凝胶作为支持介质时，因琼脂中含有较多的硫酸根，固体表面带较多负电荷，电渗现象更明显。
在pH为8.6的条件下电泳时，因电渗移动的距了离大于电泳距离，许多球蛋白均向负极移动，这个现象成为对流免疫电泳的理论基础。
可用不带电的有色颜料或用有色的葡聚糖点置在支持介质的二端中间，待电泳后观察电渗作用相对于这些物质的移动方向和距离。