蛇类的内部结构由皮肤系统、骨骼系统、肌肉系统、呼吸系统、消化系统、循环系统、尿殖系统、神经系统和感觉系统等所组成。蛇类的体型细长，四肢退化，与此相适应，大部分脏器均呈细长形(如肝、肺)。成对的器官往往前后排列，右侧高，左侧低(如生殖腺、肾脏)，或者一侧退化(如肺)。
蛇类的皮肤特点是表皮高度角质化，外被角质鳞，构成完整的鳞被，可以有效地防止体内水分的蒸发；角质鳞的彼此相邻部分角质层变薄，使鳞片稍能活动。蛇的皮肤系统包括表皮和真皮两部分。
表皮由最深居的生发层以及依次向表面的生活细胞层和角质层组成。体表的鳞片则是表皮角化的产物。蛇类头背具有大鳞片，其边缘相互连接。头后、躯干和尾背的鳞片作覆瓦状排列，鳞片之间，叠合区的皮肤较薄，使蛇体能活动自如。真皮由浅层的疏松结缔组织、色素细胞以及深层的致密结缔组织组成。
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蛇在蜕皮时，由于生发层细胞不断分裂形成新的生活细胞层和角质层，这时在酶的作用下，将旧的生活细胞层溶解，使旧的表皮角质层与新细胞层分离，不久，蛇体借助于环境中的石块或树枝，把上下颌的表皮磨开并逐渐向后翻蜕，最后将旧皮完整地蜕去。所蜕出的旧皮，称为蛇蜕，中药称为龙衣。在蛇园饲养的蛇，在活动季节，食物供应充足时，1～2个月即可蜕皮一次。