蛇的生殖器官与高等脊椎动物鸟、兽一样，都是体内受精，故雄性都有交配器官。但蛇及蜥蜴的交配器官与鸟、兽的交配器官在起源及结构上极不相同。蛇具有成对的交配囊，位于泄殖腔内两侧。交配囊是由泄殖腔的壁特化而成的，类似两个口袋，平时倒向体内，在其壁上分布有丰富的血管；在交配前，由于性的刺激，囊壁上的血管迅速充血，交配囊立即从里翻转，突出泄殖腔外，形成顶端略为分又而整个成圆柱状的交配囊，在其内侧方有1条纵向沟，这条纵沟能临时愈合成细长管道；在交配时，雄蛇把交配囊插入雌蛇体内，以输送精子到雌蛇体内，使成熟卵受精。雄蛇虽然有两个交配囊，但每次交配只能利用1个。也就是说，每次只有1个交配囊突出泄殖腔外。两个交配囊轮流使用。
蛇的生殖器官与高等脊椎动物鸟、兽一样，都是体内受精，故雄性都有交配器官。卵为椭圆形，两端较钝，多为白色，柔软(因其卵壳由非钙质的纤维性物质组成)。卵的大小及数量因蛇的种类而异。如体长8．5米，重113．5千克的网状蟒蛇1次能产82个卵，卵的长径约为10．2厘米、短径约为7．6厘米。体长5．8米，重90．7千克的印度蟒在每年3～4月间产卵，卵的长径11．4～10．2厘米、短径为5．2～7．6厘米。欧洲游蛇3～4龄后，体长61～91．5厘米，在春天交配，大约两个月后开始产卵于腐败的植物里或肥料堆中，做成一个凹窝，每次产30～40个卵。黑眉锦蛇约在5月交配，有人看见该蛇在树上进行交配长达两个小时，6月左右产卵，卵产于背阳光的潮湿树下，每次产卵7～8个。火赤链蛇1次约产10个卵。眼镜蛇1次能产20个左右的光滑白色硬壳卵，卵的长径约为3．2厘米、短径约为2．2厘米。五步蛇每次产卵10～20个。一般来说蛇都没有做窝的本领，通常是把卵产于阴暗地上，腐朽树根上或草堆、肥料堆里，靠太阳辐射热和植物发酵热来孵化。但眼镜王蛇却有造巢的习性，雌蛇在繁殖时，能把落叶或枯枝堆成11个窝，窝的结构也奇特，分上下两层，下层产卵用，上层作雌蛇居住和保护卵用。有时雄蛇也参与护卵任务。通常蛇无孵卵的本能，只靠自然热来孵化。因而，一般孵化期很长，游蛇孵化期大约10周，眼镜蛇在平均温度21『C时，需要7周以上的孵化期。但蟒蛇有孵卵的习惯，它先将产下的卵堆在一起，然后以身体卷绕着所有卵，进行孵卵。据有人测定，雌蛇在孵卵时的体温比雄蛇体温高12‘C左右。雌蛇在孵卵期除离巢去喝水外，一直待到把幼蛇孵出为止。其孵卵期长达80天左右。当蛇的胚胎在卵内发育成幼蛇，即将出壳时，幼蛇便以其吻端的“卵齿”冲破卵壳，然后钻出来，到大自然生活。幼蛇很小，例如，新生出来的幼蟒蛇长只有5．1～6．4厘米。每年平均可长约60厘米；但4～5年后增长较慢，平均每年约长30厘米。蟒蛇的年龄较高记录是21岁。
卵胎生的本质也同卵生，所不同的只是在卵受精以后，没有从母体排出来，而停留在母体的输卵管下端的“子宫”里，等胚胎在母体内发育成幼蛇后，才产出到自然界生活。从雌蛇产仔看，却又像哺乳类动物的胎生。但是，蛇的胚胎在母体“子宫”里的发育，却不需要吸取母体的营养，这就不同于真正的胎生。这种繁殖方式称为“卵胎生”；从保证幼蛇的成活率上看，比卵生方式好。
南美的一种卵胎生蚺蛇科蛇，体长5米多的雌蛇1次能产幼蛇34条，新生的幼蛇每条长约68．6厘米。有几种盲蛇也为卵胎生。例如，产于东南亚的一种盲蛇，长45．7厘米，1次产3～8条幼蛇。仅产于印度和斯里兰卡的卵胎生盾尾蛇，1次产3～8条幼蛇。从印度到所罗门地区的东方水蛇，1次能卵胎生30条左右的幼蛇。海蛇科除较原始半海栖种类外，都为卵胎生。蝰蛇科也均为卵胎生。欧洲蝰蛇，在每年4月间是其交配高潮期，但也有的在其他月份交配，在8～9月产仔，一般每次产6～20条幼蛇；新生出来的幼蛇长15～20厘米。印度蝰蛇，1次能产20～63条幼蛇。蝮蛇科蛇也大多为卵胎生。蝮蛇1次能产6～14条幼蛇。