大家对于985高校都是耳熟能详，但是知道副部级大学的就不多了。事实上根本没有所谓的副部级大学，正规的名称是中管高校，其党委书记和校长均为中管干部，级别为副部级，所以习惯上称之为“副部级高校”。这样的高校现在有31所，全部都是985高校，自然实力不凡。
这31所副部级高校根据批次的不同可以划分为3个层次。1992年第1批的副部级大学总共14所，包括北京大学，清华大学，中国农业大学，中国人民大学，北京师范大学，北京理工大学，北京航空航天大学，哈尔滨工业大学，中国科学技术大学，北京医科大学，复旦大学，上海交通大学，西安交通大学，西北工业大学。这14所高校基本涵盖了各个领域的领头羊高校。
2000年新增的7所综合类大学尽管也表现突出，但并不是领域的领头羊，所以并未首批入选。2003年增列的11所副部级高校是第3批，在全国的实力并没有很高的知名度，仍旧处于打酱油的地步，并且很多高校都是通过合并而来，这一批高校里面合并最出名的当属“山川吉”，可谓是大而不强！当然第1批和第2批的高校中合并的也不少，实现了强强联合。39所985高校中，有26所都有合并历史，尤其2000年北京大学和北京医科大学的合并影响最为广泛！这是一个风向标事件，直接导致我国的医科类知名院校纷纷成为综合大学的一部分，也引起了省属院校的纷纷效仿，比如郑州大学就合并了河南医科大学和郑州工业大学。
2000年北京大学合并北京医科大学直接减少了一所副部级大学，就在这一年有多所医科类大学，纷纷被合并。
复旦大学合并了上海医科大学，东南大学合并了南京铁道医学院，吉林大学合并了白求恩医科大学，山东大学合并了山东医科大学，四川大学合并了华西医科大学，武汉大学合并了湖北医科大学，华中科技大学合并了同济医科大学，中南大学合并了湖南医科大学，西安交通大学合并了西安医科大学，这9所医科类大学的合并都发生在2000年。
随后的数年时间，仍有医科大学被合并。2001年中山大学合并了中山医科大学。2004年兰州大学合并了兰州医学院。2005年上海交通大学合并了上海第二医科大学。各个知名高校合并医科大学纷纷增强的实力，顺便提高了投档线，清华大学也坐不住了。
2006年清华大学和北京协和医学院开展合作办学，北京协和医学院可以同时使用北京协和医学院——清华大学医学院作为第2名称。实际上北京协和医学院作为当时卫生部唯一直属高校自然不可能真的合并，也就挂了个名字。
其实医科类院校合并的第1枪是浙江大学打响的，1998年浙江大学，杭州大学，浙江农业大学和浙江医科大学合并，组建了浙江大学。当时这4所学校都通过了211预审，也就是说如果不合并就是4所211高校。合并之后是为了争取当时的9所985名额，也就是后来的C9高校，浙江大学最终如愿以偿！
没有合并医科类的院校的最终的发展不尽如人意，比如中国农业大学和中国人民大学号召力大不如前，哈尔滨工业大学甚至成为C9高校中的守门员。西安交通大学尽管合并了西安医科大学，但是西安医科大学的实力比较一般，所以并没有得到多少增强，在C9高校中的地位，仅比哈尔滨工业大学高一点！
当然影响高校实力的因素多种多样，但是知名的医科类高校加盟绝对是学校实力翻番的最强保证！所以31所副部级高校的实力已经不能按批次来进行排列了，尤其第1批和第2批已经逐渐模糊！