习惯了Windows电脑下的所见即所得，找到程序或文件双击即可运行或打开；于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明，给他一个名字就可以运行程序或打开文件；于是在命令行下或程序里不断碰壁，为啥这个命令不运行了呢？
我们不能太高估电脑（或操作系统），不要以为只要输入一个程序名或文件名，电脑（或操作系统）就可以满硬盘的去找这个文件在哪；这一来效率太低了，二来重名了怎么办？比如有2个文件都叫“子房.txt”，一个存储汉初三杰之张良，一个存储被子植物生长种子的器官；可能打开前我们自己也不知道要开哪个吧。
想一下，我们在Windows下寻找文件时，是不是先打开，然后打开，打开目录，再打开这个文件。即便我们从来没有执行过这个计划，每天我们还是不厌其烦的一层层打开然后制定新的计划。只是，我们忽略了这个打开。
我们一般指文件的路径，也就是打开的过程。以Linux为例：
我们要查看一个在自己家目录下的文件 ，那登录后，直接可见：
也可以一步步先做目录切换，然后再查看
那如果你这时你想运行快速分析宏基因组数据怎么办？
命令去哪儿了？上面我们都看到了，就在目录下，为啥电脑（操作系统）这么笨却找不到？另外为什么运行就可以找到？难道有一些黑魔法在里面？
确实是有一些黑魔法的，不过我们一般称之为规则。
操作系统为了便捷性和安全性，定义了一系列环境变量，存储常用信息， (注意全是大写)是其中一个。
: 是存放有(可执行)命令和程序的目录集合；在操作系统接到用户输入的命令时，会对PATH存储的目录进行查找，看下是否有与用户输入的命令同名的文件存在，而且是从前到后一个个查找，而且是查到就停，最后查不到就报错。（从这几个加粗的文字，可以看到操作系统很懒，当然懒是好的程序员的必备属性。）
我们先看下里面存了哪些目录？
在我们前面输入命令时，操作系统收到指令后，先去看下里面有哪些目录，然后从第一个开始寻找，很幸运，一下找到了文件，尝试运行，成功。所以在这个情况下，我们输入等同于输入。那这个会不会给我们一些启发呢？
我们只要提供的路径就可以运行了。
程序可以运行了，但是不是写起来太麻烦了？既然可以只写命令，系统就可以帮着我们去找，那么我们是否也可以把放到里面。这就是如何去设置环境变量了。
# 给原变量PATH后面加一个路径（绝对路径），冒号(:)分割
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/
# 导出变量，使其对系统（Shell）可见
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH
# 上面两句可以合并为一句，如下：
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/
# 再次运行，可以运行了
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
# 看下PATH存储的目录，多了我们的新增
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ echo $PATH
/usr/bin:/usr/local/bin:/home/YSX/train/metagenome/
这样就新增一个目录到环境变量里面了，可以依次继续增加更多目录。
有时我们也会看的这样的写法：，这与有什么区别呢？
回顾下这几个关键字：从前到后，查到就停。写出官话就是：PATH中越靠前的路径优先级越高。这有什么用处呢？
比如，一般的操作系统都会有系统的和，通常版本比较老，我们作为普通用户也没权限修改。
那怎么办？自己装一份，然后用自己的，这时就涉及到优先级问题了。
假如我在下安装了一个，那么我需要设置优先调用我自己的，设置环境变量时，我就得把放到前面，如。如果反过来写，就优先被调用了。
环境变量学会怎么设置了，关机，下班，睡觉。
第二天早上起来，打开电脑，再运行程序
结果发现昨天的设置都无效了，去生信宝典群里提问 “有谁对Linux比较精通？”。半晌，无人响应，敢说自己精通的不多。
后来，有好心人回复“你遇到什么问题，具体描述下？”
经过半个小时的沟通，理清了，关键点：环境变量设置后失效了，怎么长期有效？
如果早这么问，估计程序都运行完了。
这时需要用到另一个规则: 登录远程服务器时，系统会自动运行里面的命令，所以把前面写的这句话放到文件里面就好了。
文件输入后，不要忘记使设置生效（当然，关掉登录窗口，再次登录也可以）。