抗菌药物控制病原菌后可缩短病程，减少腹泻次数。但仅作为液体疗法的辅助治疗。近年来已发现四环素的耐药菌株，但对多西环素（doxycycline）仍敏感。目前常用药物：复方新诺明，每片含甲氧苄啶（TMP）80mg，磺胺甲f唑（SMZ）40mg，成人每次2片，每天2次。小儿30mg/kg，分2次口服。多西环素成人每次200mg，每天2次，小儿每日6mg/kg分2次口服。诺佛沙星（norfloxacin）成人每次200mg，每日3次或环丙沙星（ciprofloxacin）成人每次250～500mg，每日2次口服。以上药物任选一种，连服3日。不能口服者可应用氨苄西林肌肉或静脉注射。