急性细菌性痢疾其典型病变过程为初期的急性卡他性炎、随后的特征性假膜性炎和溃疡形成，最后愈合。早期粘液分泌亢进，粘膜充血、水肿、中性粒细胞和巨噬细胞浸润。可见点状出血。病变进一步发展粘膜浅表坏死，在渗出物中有大量纤维素，后者与坏死组织、炎症细胞和红细胞及细菌一起形成特征性的假膜。假膜首先出现于粘膜皱襞的顶部，呈糠皮状，随着病变的扩大可融合成片。假膜一般呈灰白色，如出血明显则呈暗红色，如受胆色素浸染则呈灰绿色。大约一周左右，假膜开始脱落，形成大小不等，形状不一的“地图状”溃疡。溃疡多较浅表。经适当治疗或病变趋向愈合时，肠粘膜渗出物和坏死组织逐渐被吸收、排出，经周围健康组织再生，缺损得以修复。
细菌性痢疾粘膜表面见糠皮样外观假膜由纤维素和炎细胞等构成
临床上由于病变肠管蠕动亢进并有痉挛，引起阵发性腹痛、腹泻等症状。由于炎症刺激直肠壁内的神经末梢及肛门括约肌，导致里急后重和排便次数增多。与肠道的病变相对应，最初为稀便混有粘液，待肠内容物排尽后转为粘液脓血便，偶尔排出片状假膜。急性菌痢的病程一般1-2周，经适当治疗大多痊愈。并发症如肠出血、肠穿孔少见，少数病例可转为慢性。