慢性细菌性痢疾，菌痢病程超过二个月以上者称为慢性菌痢。多由急性菌痢转变而来，以福氏菌感染者居多。有的病程可长达数月或数年，在此期间肠道病变此起彼伏，原有溃疡尚未愈合，新的溃疡又形成。因此新旧病灶同时存在。由于组织的损伤修复反复进行，慢性溃疡边缘不规则，粘膜常过度增生而形成息肉。肠壁各层有慢性炎症细胞浸润和纤维组织增生，乃至疤痕形成，从而使肠壁不规则增厚、变硬、严重的病例可致肠腔狭窄。
临床表现依肠道病变而定，可有腹痛、腹胀、腹泻等肠道症状。由于炎症的加剧，临床上出现急性菌痢的症状称慢性菌痢急性发作。少数慢性菌痢患者可无明显的症状和体征，但大便培养持续阳性，成为慢性带菌者，常成为传染源。