流行地区，好发季节，有虱寄生或人虱接触史，结合患者急起发热、头痛、皮疹和中枢神经系统症状较为明显与脾肿大，临床要考虑本病；间接免疫荧光法和ELISA法检查特异性IgM抗体有较高的灵敏度和特异性，有早期诊断价值并可以替代外斐反应。双份血清IgG有4倍以上增高可确定诊断；单份血清间接免疫荧光抗体滴度≥1：128强烈提示诊断；这些试验的特异性为100%。外斐反应敏感性和特异性不高。补体结合试验缺乏足够的敏感性和灵敏度。单份血清的IgG阳性仅提示既往感染过并持续存在的免疫状态。雄性豚鼠接种和显微镜观察检查病原体的方法并不常用。
流行性斑疹伤寒需与以下疾病进行鉴别诊断：伤寒、钩端螺旋体病、虱传回归热、地方性斑疹伤寒及恙虫热、流脑、大叶性肺炎、成人麻疹及流行性出血热等。