肾结核继发于全身性结核病，因此在治疗上必须重视全身治疗并结合局部病变情况全面考虑，才能收到比较满意的效果。
（一）全身治疗 ：
全身治疗包括适当的休息和医疗体育活动以及充分的营养和必要的药物治疗（包括肾结核以外的全身其他结核病灶的治疗措施）。
（二）药物治疗：
由于肾结核局部病变的范围和破坏的程度有很大差别，因此针对局部病变的治疗在各个病例亦有所不同。在链霉素等抗结核药发现之前，临床上一旦肾结核之诊断确立，其唯一的治疗方法就是肾切除。在40年代以后，链霉素、对氨柳酸相继问世，很多临床肾结核病例单用药物治疗可以得到痊愈。50年代以后，高效、低毒而价廉的异菸肼出现，采取了联合用药，使肾结核的疗效又有很大提高，几乎可以治愈全部早期结核病变。至1966年利福平临床应用，因其效果显著，副作用又少，与其他药物共同使用，肾结核的疗效更加提高。目前因肾结核而需行肾切除术的病例已大为减少。但在某些卫生环境较差、医疗条件不足的地区，仍然有肾结核的发生，甚至有一些晚期病人发现。对于确诊为肾结核的病人，无论其病变程度如何，无论是否需行外科手术，抗结核药必须按一定方案进行服用。
（三）手术治疗：
虽然抗结核药治疗在目前可以使大部分肾结核病人得以控制治愈，但是仍有一部分病人药物不能奏效，而仍需进行手术治疗。手术包括全肾切除、部分肾切除、肾病灶清除等几种方式，需视病变的范围、破坏程度和药物治疗的效应而选定。