临床上需要与大骨节病鉴别的疾病主要有2类，一类是引起关节粗大、疼痛的疾病；一类是引起软骨内成骨障碍、短肢畸形、身材矮小的疾病。鉴别时主要应掌握各自疾病的特征，以及大骨节病有地区性等特点。
退行性骨关节病（骨关节炎、增生性关节炎）
其与晚期大骨节病的相同之处是有关节软骨的退行性变和破坏脱落，发生关节疼痛、僵硬、关节粗大、活动爱限制。
和大骨节病不同之处在于：
①多发生于40岁以后的成人，青年人少见，几乎不见于儿童；
②无短指（趾）、短肢畸形；
③关节受累为非对称性；
④肌萎缩不明显。
分离性骨软骨炎
在关节软骨部分分离形成关节游离体、引起关节交锁方面，与大骨节病晚期有相似之点。
主要不同之点是：
①受累部位主要是双膝关节或革单一关节（如踝部），手指改变少见；
②不影响骺板软骨生长，无短指、短肢畸形；
③多有外全国各地史。
类风湿关节炎
在好发生于青少年，开始我累及手指小关节，有多发、对称的指关节肿大、疼痛等方面与大骨节病有些类似。
明显不同之点是：
①受累关节周围软组织有肿、热等炎症表现，关节肿胀呈纺锤形；
②重症病例关节最终常出现纤维性强直；
③无短指（趾）畸形；
④类风湿因子（IgM）在70―80%患者中为阳性；
⑤20―25%患者皮下有类风湿结节。
痛风
虽然也有多关节受累和手、腕、足、踝等部关节肿痛，但以下各点和大骨节病明显有别：
①发病年龄大部分在40岁以下；
②多有家族遗传史；
③受累关节有红、肿、热、痛等急性炎症表现，发病急骤，疼痛剧烈；
④在关节或其他部位皮下有痛风石，皮肤如溃疡排出白色尿酸盐结晶；
⑤关节损害为非对称性；
⑥急性期有发热、寒战、白细胞升高等全身反应；
⑦给予秋水仙碱治疗，症状迅速缓解。因此容易和大骨节病鉴别。
氟骨症
氟骨症患者晚期亦可发生广泛的关节退行性变，关节边缘骨刺增生，关节活动障碍，步态蹒跚。但与大骨节病不同之处甚多，例如：
①发病地区不同，2种病重叠的地区很少；
②发病年龄一般都在成年以后；
③多有氟斑牙；
④以脊柱及四肢大关节受累为主；
⑤骨骼病变以骨硬化为主，伴有骨周软组织的广泛钙化、骨化；
⑥椎管变窄，椎间孔变小，造成脊髓和神经根损伤。故不难与大骨节病鉴别。
软骨发育不全
在短肢畸形、身材矮小方面与大骨节病性件儒相鉴别。
其主要不同之点是：
①为先天性，出生后即四肢短小，生长缓慢；
②前额明显突出，鼻梁深度凹陷；
③X线全身多处有软骨发育不全畸形；
④骨骺增大呈喇叭形，长骨两侧膨大非常明显；
⑤关节不痛或很轻。
佝偻病
重症者虽然也影响骨骼生长发育，但多见于婴幼儿；有佝偻病特有的囟门关闭迟、方颅、鸡胸、肋骨串珠等表现；X线下骺线增厚，呈毛刷样；下肢骨干弯曲而形成“X”型或“O”型腿。这些都和大骨节病明显不同。
克汀病
虽然也有身材矮小，但生后不久即表现出生长发育滞后；有明显智力和性功能障碍；有不同程度的听力和语言障碍；X线骨龄明显落后，干骺闭合延迟。容易和大骨节病区别。