传染性软疣容易跟寻常疣、汗管瘤和丘疹性荨麻疹这3个病混淆。如寻常疣质地硬，表面粗糙，呈灰褐色或正常肤色，顶端可呈乳头瘤样增生，无蜡样光泽，丘疹中央无凹陷，挤压无软疣小体。
鉴别诊断
1.寻常疣：质地硬，表面粗糙，呈灰褐色或正常肤色，顶端可呈乳头瘤样增生，无蜡样光泽，丘疹中央无凹陷，挤压无软疣小体。
2.汗管瘤：妇女多发。针头或米粒大小结节，肤色或淡黄褐色，质坚硬，密集分布于眼睑周围、鼻颊等部位，也可发于躯干上部。
3.丘疹性荨麻疹：纺锤形水肿性红色丘疹，中央小水疱，好发于四肢末端、腰、臀等部位，瘙痒明显，2周左右可以自愈。