潜伏期1周至6个月。
典型损害为受感染局部表皮细胞增生形成的丘疹，直径2～8mm，单发或多发，圆形或半球形，有蜡样光泽，中心脐凹状，并含有干酪样栓塞物，丘疹呈肉色或粉红色。初期质地坚硬，成熟变软，可挤压出干酪样物。临床可分两个类型：
①儿童型：通过皮肤直接接触或经传染媒介受感染，软疣见于面部、躯干及四肢。
②成人型：可为性传播，软疣多见于外生殖器、臀部、下腹部、耻骨部及大腿内侧区，肛交者发生于肛门。皮损可发生于除掌跖外的任何接触部位，也可出现于唇、舌及颊粘膜、结膜等，结膜损害可伴有反应性结膜炎或角膜炎。少数损害异常巨大，称为巨型软疣，有的可角化而像小的皮角，称为角化性软疣。一般无自觉症状。