川崎病又容易引发各种并发症。心脏和冠状动脉受累多发生在起病的1―6周，可伴有心脏炎、心律失常和冠状动脉炎等。川崎病并发心肌梗塞者约占1%―2%，多于病程一年内（尤其病程3―4周内）发生。临床可能出现烦躁，腹痛和呕吐等消化道症状。 因此，专家建议，对于小孩发烧，家长不可放松警惕，以为只是一般的感冒，自己随便给孩子吃些药就会好。
大部分可以治愈，只要做到早期诊断、规范治疗和长期随访，提高孩子自身的免疫能力，大部分川崎病患儿还是可以完全治愈的。同时，应定期复查心电图、超声心动图；在发病后3―5年内随访，病后1―2年内每3―6个月复查一次，以后每年一次，户外剧烈活动应适当加以限制。
川崎病应与各种出疹性传染病、病毒感染、急性淋巴结炎、类风湿病以及其它结缔组织病、病毒性心肌炎、风湿炎心脏炎互相鉴别。
本症与猩红热不同之点为：①皮疹在发病后第3天才开始；②皮疹形态接近麻疹和多形红斑；③好发年龄是婴幼儿及较小儿童时期；④青霉素无疗效。
本症与幼年类风湿病不同之处为：①发热期较短，皮疹较短暂；②手足硬肿，显示常跖潮红；③类风湿因子阴性。
与渗出性多形红斑不同之点为：①眼、唇、无脓性分泌物及假膜形成；②皮疹不包括水疱和结痂。
与典型结节性动脉周围炎（Kussmaul-Maier型）的症状有很多相似之处，但MCLS的发病率较多，病程产短，预后较好。区别之点如下：①后者的血管炎显示明显的类纤维样坏死（fibrinoide necrosis），而MCLS则少见这种坏死性变化或仅有轻微变化；②典型的结节性动脉周围炎难得涉及肺动脉。
与系统性红斑狼疮不同之处为：①皮疹在面部不显著；②白细胞总数及血小板一般升高；③抗核抗体阴性。④好发年龄是婴幼儿及男孩多见。
与婴儿型结节性多动脉类 与出疹性病毒感染的不同点为：①唇潮红、干裂、出血，呈杨梅舌；②手足硬肿，常跖潮红及后期出现指趾端膜状脱皮；③眼结膜无水肿或分泌物；④白细胞总数及粒细胞百分数均增高，伴核左移；⑥血沉及C反应蛋白均显著增高。
与急性淋巴结炎不同之点为：①颈淋巴结肿大及压痛较轻，局部皮肤及皮下组织无红肿；②无化脓病灶。
与病毒性心肌炎不同之处为：①冠状动脉病变突出；②特征性手足改变；③高热持续不退。
与风湿性心脏炎不同之处为：①冠状动脉病变突出；②无有意义的心脏杂音；③发病年龄以婴幼儿为主。