对子宫内膜异位症的治疗，目前多采用舀体激素类药物抑制排卵，前列腺素拮抗物，解痉镇痛类药物，这些方法虽可获得疗效，但激素类药物易干扰正常月经周期，导致月经紊乱，而后者半衰期短，疗效不能持久，尚达不到根治的目的。
由于妊娠和闭经可避免发生痛经和经血逆流，并能导致异位内膜萎缩退化，故性激素已成为临床上治疗内膜异位症的主要非手术疗法。但对较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，特别是诊断尚未十分确定者或肝功能异常均忌用性激素治疗。
(一)药物治疗
1．性激素疗法
(1)假孕疗法：
(2)高效孕激素疗法：
(3)假绝经疗法：
(4)雄激素：
(5)促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)：
(6)18―甲基三烯炔诺酮(gestrinone)：
(7)孕三烯酮：
(8)GnRH显效剂：
(二)手术治疗
1．保留生育功能的手术(又称为保守手术)。
2．全子宫切除保留卵巢组织。
3．全子宫及双侧附件切除。