子宫内膜异位症的治疗十分棘手，治疗有药物；手术及放射等。应根据患者的年龄临床症状、病变部位及范围以及对生育的要求等酌情选用。原则上对年轻有生育要求的患者，应多考虑药物治疗，尽可能保留卵巢及生殖功能。
近年来子宫内膜异位症发病率明显上升。目前主要采用激素和手术治疗，但停药后都有相当高的复发率。随着腹腔镜手术的推广，子宫内膜异位症的病变范围得以确定，创伤小，被部分病员接受。但这种反复发作的疾病给育龄妇女带采了莫大的精神痛苦，是因为扰年轻妇女身心健康的重要原因，严重影响了妇女的健康及生活质量。因此，积极开展防治子宫内膜异位症的研究具有极大的现实意义。医学研究者和患者的目光开始转向以辨证论治为主的中医药。中医药治疗子宫内膜异位症在临床研究中初步取得了可喜的成绩，获得了较好的效果。
大多数医家仍采用传统的辨证施治，或根据中医理论，结合疾病的特征，制定常用辨病专方治疗。近年来，也有学者运用针灸、推拿以及药膳等方法、都取得了一定的疗效。
一、一般治疗
1．子宫内膜异位症患者应保持乐观的精神状态，切忌情绪波动，经期避免受寒，忌房事。对痛经患者，尤其是青春期少女，应耐心地告之以月经的生理知识，使其了解月经是发育到性成熟期的一种生理现象，月经期间会发生；些生理性变化，如轻度腰疼、小腹坠胀等症状，以消除其恐惧与焦虑。经前期及经期应避免精神紧张劳累。
2．对患者饮食的调节，忌冷饮，禁食辛辣厚味之品。平时和经期可适当吃一些有利于疾病的药膳。
3．适当的体育锻炼，对体质虚弱者，应适当增加营养，注意锻炼身体，增强体质。多活动如散步、游泳等。但经期避免剧烈的活动。
二、中医治疗
子宫内膜异位症是由于离经之血积留于组织与脏器内不得出，形成瘀血，大多数患者出现经行腹痛。因此，以伴随月经来潮而周期性小腹疼痛发作为辨证要点。其病变部位主要在盆腔范围，病位在下焦。根据其病程的长短及月经的情况以及兼证，辨其在气在血，属湿热，或瘀热，或肾虚或腑气不通等。
本病属实，属里，属瘀。一般痛在经前多属实，痛在经后多属虚；痛甚于胀多属血癌，胀甚于痛多属气滞：剧痛多属实证，隐痛多属虚证。治疗大法调理气血。以活血化瘀，软坚散结为主，佐以行气化痰，兼调寒热，兼治肾虚，兼以通腑等。
(一)辨证分型治疗
1．肾气亏损，
主证：经期或经后，小腹隐隐作痛，喜按，月经量少，色淡质稀，头晕耳鸣，腰酸腿软，小便清长，面色晦黯，舌淡，苔薄，脉沉细。
治法：补肾填精、养血止痛。
方药：调肝汤《傅青主女科》加减。
2．气血虚弱
主证：经期或经后，小腹隐痛喜按，月经量少，神疲乏力，头晕心悸，失眠多梦，面色苍白，舌淡，苔薄。
治法：补气养血，和中止痛。
方药：黄茂建中汤《金医要略》加减。
3．气滞血癌
主证：经前或经期，小腹胀痛拒按，胸胁、乳房胀痛，经行不畅，经色紫黯有块，块下痛减，舌紫黯，或有瘀点，脉弦或弦涩有力。
治法：行气活血，祛瘀消Y。
方药：膈下逐瘀汤《医林改错》加减。
4．寒凝血癌
主证：经前或经期，小腹冷痛拒按，得热则痛减，经血量少，色黯有块，畏寒肢冷，面色，青白，舌黯，苔白，脉沉紧。
治法：温经散寒，祛瘀止痛。
方药：温经汤《金夔要略》加延胡索理气止痛。
5．湿热蕴结
主证：经前或经期，小腹灼痛拒按，痛连腰脊，或平时小腹痛，至经前疼痛加剧，经量多或经期长，经色紫红，质稠或有血块，平素带下量多，黄稠臭秽。或伴低热，小便黄赤，舌红，苔黄腻，脉滑数或儒数。
治法：清热除湿，化瘀止痛。
方药：清热调血汤(《古今医鉴》)加红藤、败酱草、薏苡仁。
6．气虚血癌
主证：经行或经后腹痛，喜按喜温，肛门重坠，频欲临厕，大便塘薄，面色萎黄，神疲力，经量或多或少，色淡质稀，舌边有齿印，苔薄白，脉细软无力。
治法：益气升阳祛瘀。
方药：补阳还五汤《医林改错》加减。
7．热郁血瘀
主证：经前或经行，或经后发热，腹痛，甚则经期高热直至经净恢复正常，痛剧热甚，痛处喜冷拒按，舌边尖红，舌边有换瘀或瘀点，苔薄微黄，脉弦数。
治法：清热和营，活血祛瘀。
方药：血府逐瘀汤《医林改错》加减。
8．肾虚血瘀
主证：经行或经后腹痛，腰脊酸楚，引及下肢及破臀，头晕目眩，经期先后不定期，经量或多或少，淋漓不尽，或见血块。日久不孕或易流产，舌黯滞，或有瘀斑或瘀点，苔薄白，脉沉细而涩。
治法：益肾调经，活血祛瘀。
方药：桃红四物汤《医宗金鉴》加减。
三、西医治疗
对本病的治疗，目前多采用舀体激素类药物抑制排卵，前列腺素拮抗物，解痉镇痛类药物，这些方法虽可获得疗效，但激素类药物易干扰正常月经周期，导致月经紊乱，而后者
半衰期短，疗效不能持久，尚达不到根治的目的。
由于妊娠和闭经可避免发生痛经和经血逆流，并能导致异位内膜萎缩退化，故性激素已成为临床上治疗内膜异位症的主要非手术疗法。但对较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，特别是诊断尚未十分确定者或肝功能异常均忌用性激素治疗。
(一)药物治疗
1．性激素疗法
(1)假孕疗法：
(2)高效孕激素疗法：
(3)假绝经疗法：
(4)雄激素：
(5)促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)：
(6)18―甲基三烯炔诺酮(gestrinone)：
(7)孕三烯酮：
(8)GnRH显效剂：
(二)手术治疗
1．保留生育功能的手术(又称为保守手术)
2．全子宫切除保留卵巢组织
3．全子宫及双侧附件切除