1．卵巢恶性肿瘤：卵巢恶性肿瘤患者一般情况差，病情发展较迅速，腹部肿块增大及腹水增多导致持续性腹胀，腹胀往往是晚期的表现，持续性钝痛多见。体检可们及盆腔内包块，质地较硬，囊实性，表面高低不平，活动度差，可有轻度压痛，子宫内膜位症患者：伴发大量腹水者较少见。子宫内膜异位症患者的血清CAl25升高程度较卵巢癌低，血清CAl25＞400KU／L时，卵巢恶性肿瘤的可能性较大。B超检查显示肿瘤包块以实性或混合性多见，形态多不规则，对于子宫内膜异位症熟连严重者鉴别困难。诊断不明者尽早剖腹探查，明确诊断以免延误治疗。
2．卵巢良性肿瘤：常见的良性畸胎瘤、浆液囊腺瘤、教液性囊腺瘤等到主要表现为卵巢肿块，需与卵巢子宫内膜异位症相鉴别。此类肿块很少与周围组织黏连。良性畸胎瘤如含有钙化组织，通过X线摄片可区别。B超检查可提示有囊液清，回声均匀，可有乳头状。卵巢子宫内膜异位症的囊肿B超图像为颗粒状或不均匀细小回声，难以区别者’行腹腔镜检查和剖腹检查。
3．多囊卵巢综合征：多囊卵巢综合征也有不孕、月经失调、双侧卵巢增大等症状，与于宫内膜异位症患者类似。但前者可具有特征性的持续无排卵和雄激素过多引起的肥胖、多毛和黑棘皮症。通过基础体温测定、诊断性刮宫等方法提示无排卵，有助囊卵巢综合征的诊断，血清LH／FSH＞3，B超显示双侧卵巢均匀性增大，包膜回声增强，内部多个大小不等的无回声区。腹腔镜直视检查，卵巢可增大1―3倍，包膜增厚光滑，呈珍珠状，包膜下显露多个卵泡，无排卵征象。’而卵巢巧克力囊肿腹腔镜下观察，一侧或双侧卵巢增大，表面发蓝或呈深棕色，或穿刺抽得深棕色“巧克力”样液体，区别较容易。取卵巢组织送病理检查可明确诊断。
4．慢性盆腔炎和盆腔炎性包块：本病形成的黏连性病变与盆腔子宫内膜异位症者相类似。平时有下腹部隐痛，较子宫内膜异位症者轻，在劳累、性交后及月经期前后加重，伴有低热，抗炎治疗有效。
5．生殖器结核：低热、痛经、不孕、盆腔有鼓连、增厚及结节是子宫内膜异位症与生殖器结核的相似之处，但前者痛经明显，月经量多，子宫增大，后者可能提供既往阳性病史或其他部位可发现结核病变。子宫输卵管碘油造影表现为：宫腔呈不同形态和不同程度狭窄或畸形；输卵管僵直，呈念珠状；盆腔有钙化斑点；与子宫内膜异位症HSG表现不同。诊断性刮宫、子宫输卵管碘油造影及腹腔镜检查是较好的鉴别诊断措施。
6．子宫腺肌病：经量增多、经期延长、痛经症状与子宫内膜异位症相似，甚至更剧列。子宫多呈球形均匀性增大，以后壁为主，很少超过妊娠12周子宫大小，质地较正常子宫硬。经期检查时，子宫压痛更明显，B超检查提示肌层增厚及不规则回声增强，MRI对子宫腺肌病术前诊断率达88．2％一100％。其表现为边界不清的病灶内有圆点信号和子宫基底部毛糙。后者影像学检查对鉴别诊断有较高的价值。
7．特殊子宫内膜异位症的鉴别诊断
(1)会阴子宫内膜异位症的鉴别诊断：绒毛膜上皮癌外阴部转移结节：此类结节体积较大，增长快，紫蓝色质地脆，易致大出血。患者很少疼痛，有妊娠、流产或葡萄胎病史。
妊娠试验阳性。仔细询问和检查，结合实验室检查容易鉴别。
(2)阴道子宫内膜异位症的鉴别诊断：阴道壁中肾管囊肿：常见于阴道侧壁或阴道前壁，可单发或成串状，直径1―5cm不等，向阴道内凸起，表面的阴道教膜变薄发白，囊内多含澄清浆液，肿块边界清楚，囊性感明显，可随阴道教膜活动。多无症状，较大者可有性文不适，容易鉴别毛膜上皮癌阴道转移结节：本病以血行转移为主，累及阴道的转移瘤较多见，可单发或多发。阴道前壁及尿道口是最常见的转移部位。转移灶呈结节状，大小不等，位于阴道教膜下，紫蓝色，很少有疼痛。如黏膜破溃可导致喷涌状大量出血。妊娠试验阳性，活检可确诊。
(3)宫颈子宫内膜异位症的鉴别诊断：子宫颈海绵状血管瘤：本病少见，由较大血管构成，外观为界限分明的紫色或黯红色不规则区域，压迫时颜色减退，放松后恢复原状，一般无症状。子宫颈恶性黑色素瘤：本病极为罕见。外观为宫颈部蓝色不规则的硬肿块，有接触性出血、阴道不规则出血病史。需病理检查确诊。
(4)泌尿道子宫内膜异位症的鉴别诊断：尿道综合征：是一种女性患者出现尿频、尿痛的综合征，其中段尿培养阴性，和子宫内膜累及膀胱但未穿透黏膜者相似，必须通过膀肮
镜和腹腔镜鉴别诊断。
(5)消化道子宫内膜异位症的鉴别诊断：克罗恩(Crohn)病：本病主要症状是慢性腹泻，很少便血；有下腹隐痛，体重下降，容易导致肠狭窄，表现为不同程度的肠梗阻症状，而且肠道外病变较多见，内膜异位症累及肠道相似，纤维结肠镜检查可见病变为片状散在分布，病变处黏膜与腹腹之间黏膜水肿，组织活检可确诊。
(6)胸腔子宫内膜异位症的鉴别诊断：自发性气胸的原因可以很多，但发病时间无规律性，很少有。而子宫内膜异位症导致的自发性气胸以右侧多见，发生在月经期，引起肺萎缩，有呼吸困难及胸痛，胸腔内肺可再扩张，症状体征消失。胸、腹腔都产生血性液体也提示要注意其内有无病变，需要仔细地鉴别。肺部肿瘤；本病也可以有咯血、胸腔积液及x线检查提示灶性病变的阴影，与子宫内膜异位症相似，但缺乏周期性的变化，且病变逐渐加重全身状况差，结合肺部CT、MRI、纤维支气管镜检查，鉴别较容易。肺结核：低热、 月经不调、咯血、胸痛，早期X线检查有不典型的渗出性改变，都和胸膜―肺子宫内膜异位症相似，肺结核伴有盆腔结核病灶者更难区别。痰结核杆菌检查是最特异性的诊断方法。
3．子宫内膜异位症急诊的鉴别诊断
(1)卵巢子宫内膜异位囊肿破裂：占1．4％一35％。月经来潮或月经后半期卵巢异位囊肿张力增大、渗出和异位灶的充血、水肿。卵巢子宫内膜异位囊肿在妇科检查、性交、剧烈运动，甚至自然情况下都有可能发生破裂，陈旧血液流入腹腔，引起突发性刀割样剧烈腹痛，伴有恶心、呕吐和肛门坠胀，甚至有休克症状。体检有典型的腹膜刺激征(肌紧张压痛、反跳痛)。妇科检查有宫颈举痛，可触及卵巢肿块消失，但多数触诊不满意。
(2)卵巢囊肿扭转：腹部体征和血象检查与子宫内膜异位囊肿破裂时极相似，B超检查时初步提示包块，需要紧急剖腹探查明确诊断。
(3)肾、输尿管结石：当结石在肾脏，没有明显移动时一般为腰部钝痛，当结石下移时；导致一侧腰部剧烈疼痛，阵发性，放射到膀胱、同侧股内侧、阴唇，有肉眼血尿或镜下血尿并有恶心、呕吐、大汗淋漓。x线检查可见90％以上的结石显影，B超检查对结石、输尿管积水的诊断有价值。与子宫内膜异位症急性症状鉴别较容易。
4．绝经后子宫内膜异位症的鉴别诊断：绝经后的妇女很少做出于宫内膜异位症的诊断，因为随着卵巢功能的进行性衰退，子宫内膜异位症病灶发生退行萎缩，临床症状消失。绝经后的卵巢仍然可持续多年继续分泌雌激素，肾上腺或垂体分泌雌激素也可持续多年，再加上服用外源性雌激素及异常的雌激素分泌，这些都可能是原有子宫内膜异位症病灶继续存在、生长的原因。Henrilds报道1000例子宫内膜异位症中37例见于绝经后妇女(3．7％)。绝经后患者肠道受累较年轻妇女常见，而且症状是经常性的，比较严重．容易误诊为肠道肿瘤。患者可有各种各样的并发症，尤其是恶性肿瘤，又容易漏诊，要引起足够的重视。所以绝经后患者需要和肠道、卵巢肿瘤相鉴别。