舌咽神经痛的分为原发性的和继发性的舌咽神经痛，继发性的会有功能障碍发生，比如味觉减退，吞咽反射迟钝等。那么治疗舌咽神经痛的方法有很多中，包括肾炎神经纤维血管减压术，颅内舌咽神经切断术，经脾穿刺舌咽神经射频热凝术等，其中最有效的发放是微血管减压术和舌咽神经根切断术。
舌咽神经根纤维血管减压术，在手术的显微镜下，可看到椎动脉或小脑后下动脉跨越并压迫舌咽及迷走神经根丝，将血管分离开，在血管与神经之间垫入涤纶棉将二者隔开。与切断术相比，该手术术中心血管反应较多，手术操作时应予以注意。
颅内舌咽神经根切断术，在切断舌咽神经根丝的同时切断迷走神经1~2根丝，术后能打到立即止痛的效果，并且复发率也很低。但是也会有少数患者在术后会发生味觉丧失等现象。
经皮穿刺舌咽神经射频热凝术，这种手术只是使用于已造成声带麻痹的头颈部恶性肿瘤所引起的继发性舌咽神经痛患者，因为本手术在热凝破坏神经中感觉纤维的同时，不可避免地会破坏运动纤维，术后会引起声带麻痹。