舌咽神经痛在初期和发作较为轻微的时候，一般要先考虑用药物治疗，对于药物和治疗无效或效果不佳的，发作频繁剧烈的，可以采用手术治疗。那么不同的手术会有不同的特点。
1、舌咽神经切断术
这种手术分文颅外手术和颅内手术。颅外手术治疗舌咽神经痛的方法较为简单，但是疗效不持久，颅内手术的效果较为持久但是需要开颅。
2、显微血管减压术
采用舌咽神经切断术的手术入路和三叉神经纤维血管减压的方法，将异常血管移位。（详细方法可以见本站三叉神经痛手术方法）
3.舌咽神经射频电凝
这种方法治疗舌咽神经痛会影响舌咽神经的运动根，所以仅仅适用于颅底部癌肿病侧声带功能已丧失者对原发性舌咽神经痛不适用。