为了提高种子的品质，防治种子病害，打破种子休眠，促进种子萌芽和幼苗健壮成长，中药材种子在播种前要进行处理。其主要常规处理方法归纳如下：
一、选种：选取颗粒饱满、发育完善、大小均匀一致、不携带病虫卵细菌、生命力强的种子。数量小时可手工选种，数量大时可用水选或风选。
二、晒种：播种前晒种能促进某药材种子的生理后熟，促进种子内部新陈代谢，增强种子成活力，提高发芽率，并起到杀菌消毒的作用。晒种一般选晴朗天气晒2-3天。在水泥地上晒种时，注意不能摊工巧匠得太溥，以防烫伤种子，一般以5-10厘米为宜。每隔2-3小时翻动一次，使种子受热均匀。
三、浸种：用冷水或40度左右温水直接浸种或冷、热水变温交潜浸种24小时，可使种皮老化、透性增强，并能杀死种子内外所带病菌，防止病害传播，促进种子快速、整齐地萌发。若浸种时采用一些化学物质直接进行种子处理，可得到更好效果。
1、根据种特性，选择适宜的化学药剂和适当的浓度处理种子。如党参种子在0.1%小苏打、0.1%溴化钾深液中浸30 秒，捞起立即播种，一般发芽可提早10~12天，发芽率高10%左右。
2、用生长激素处理。常用激素有吲哚乙酸、赤霉素等。如党参种子用0.005%的赤霉素深液浸6小时，发芽率提高11.5%。
3、 在水中加入微量元素浸种。常用的微量元素有硼、锌、锰、铜、钼等。如桔梗种子用0.3-0.5%高锰酸钾溶液浸一天，种子和根的产量可分别提高30-50%。
4、 擦伤和破壳处理：有些药材种子皮坚硬，富含蜡质，不透水，影响种子的萌发。采用人工破壳、搓擦等方法操作种皮，可增强透性，促进萌发。如杜仲可采用剪破翅果，取出种仁直接播种，黄芪、穿心连的种子种皮有蜡质，可先用细沙磨擦，再用温水浸种，可显著提高发芽率。
5、 层积处理：即一层湿砂，一薄层种子，再盖一层湿砂，再撒一薄层种子，如此重复堆积处理的方法。此法可打破种子休眠，促进后熟和萌发。如芍药、黄连、银杏种子常用层积处理来促进萌芽。
6、 拌种：一般用药剂拌种，可起到杀菌消毒、促进生长吸收的作用。如每500克种子加3-4克50%多菌灵拌种，可杀死种子表面及土壤中病菌，防止幼苗猝倒病。此外，采用细菌肥料拌种，可增加土壤中有益微生物，把土壤和空气中植物不能直接利用的元素变成植物可吸收的养料，从而促进中药材和生长发育。现常用的菌肥有根瘤菌剂、固氮菌剂等。
除以上常用的方法外，还可用射线、超声波处理药材种子，有促进发芽、生长旺盛，早熟增产等作用。