优良的种子、种苗是中药材质量优质稳定的基础，中药材良种的选育、繁育、使用是中药材规范化生产的“源头工程”，我国中药材种子种苗的繁育、使用还处于相对落后的阶段，大部分农户是‘自繁自育’或交换使用，严重制约了中药材GAP的发展。
由于我国中药材品种选育工作落后，中药材种子种苗生产经营体系尚未建立。优良品种是药材质量稳定的基础，只要种质混杂的问题存在，药材质量稳定问题就不可能得到有效解决。据统计，我国人工栽培的中药材近200种，培育出优良品种并在生产上推广应用的药材种类不足10%。虽然我国对中药材种质资源的收集评价的研究工作日渐增多，但以选育优良和推广应用为目标的研究较少，针对性不强。由于新品种选育滞后，我国中药材种子种苗的繁育基本还处于农户“自繁自用”阶段，在市场上少量流通的种子，既没有质量标准，也没有有关部门的鉴定。对药材产量提高和质量改善很难保证，品质性状遗传研究几乎空白。
近年来涉及药材种子质量问题的事件特别多。截至目前，我国没有制定专门针对中药材种子的管理条例或办法，也没有明确的管理机构；在中药材新品种审定或认定方面，没有相应的组织或办法，品种随意使用。可以自行生产，任意经营，质量及产量退化严重。种植户权益得不到切实保护。
目前我国中药材生产还处与初级原始阶段，农业部门和医药系统还没有统一的管理职能。老版《中国药典》中很多中药材指标的制定比较落后，仍停留在颜色、气味、外观性状、显微特征等较落后的评价指标，很多连成分指标都没有。没有国家级标准，就无法评价品种的优劣，也没有选育优良中药材种子种苗的基础。菏泽华海航天育种有限公司制定科学的育种计划，由主管部门牵头，加大投入，分层次分步骤地研究那些栽培历史悠久、地域特征明确和栽培区域广泛、已有优良农家品种、大量使用的重点药材，要大量栽种历史短，野生变家种的品种。凡是能够人工种植的都分期计划、加快研究。成熟一个，鉴定一个；规范一个，推广一个。取得良好的经济效益和社会效益。