植保工作在中药材全年管理中起着举足轻重的作用，病虫害猖獗与否直接影响着药材的产量和质量，选择良药和适期防治是其成败的关键。做到了良药选择和适期防治，可以起到事半功倍的效果，忽视了它将遗误战机，前功尽弃，造成巨大损失。
1、根部病害（含根腐病、茎腐病、黄枯萎病、青枯病、猝倒病、白绢病、菌核病等）。
根部病害是药材最主要的病害，易感病品种依次为：白术、南星、黄芪、半夏、荆芥、山药、生地、川芎、北沙参、丹参、桔梗、菊花、远志、防风、白芷、牛膝、柴胡、毛知母、黄芩、瓜楼、附子等。
防治根病特效药为：40%枯黄回春、甲基立枯磷、萎康灵、枯黄120、申嗪霉素、药材专家、白术秘方、药材必治、不死苗、四特灵、703⊥、枯黄急救等。土壤处理消毒剂有：药材地康、五硝多菌灵。生物类菌剂：大地回春、重茬克星。
根病被称为植物的癌症。由于长期单一用药，病菌已产生抗性，防治效果不佳，应用时要选择含2种以上杀菌成份的药剂混合使用。选用新型特效药，淘汰防效差的老牌杀菌剂，加大用药量，重点根茎部着药，必要时灌根处理。土壤板结透气性差、低温高湿、高温高湿是其发病的主要因素。务必加强雨后防治工作。茎腐病防治适期为各种药材的苗期、发病初期；根腐病为全生育期；猝倒病为暴雨后骤晴时；黄枯萎病为中后期。根病综合防治措施：选排水良好的沙壤土种植，选禾本科作物为前茬，不重茬，防止土壤积水，多中耕，增施磷、钾肥，种子土壤杀菌消毒，发病初期及时喷特效药防治，做到无病早防、有病早治。
2、叶斑病（含斑枯病、褐斑病、灰斑病、黑斑病、叶枯病等）。
叶斑病是药材茎叶的主要病害，发生广、危害重。易感病品种：白术、生地、牛膝、南星、丹参、白芷、防风、板蓝根、桔梗、柴胡、苏叶、射干、黄芩、紫苑、荆芥、蒲公英、薄荷、瞿麦、红花、鸡冠花、菊花、金银花、半夏、毛知母、山药、川芎、云木香、甘草、元参、附子、枸杞等。
防治叶斑病的特效药：斑击、锰锌烯唑醇、多抗霉素、苯醚甲环唑、丙环唑、戊唑醇、80%代森锰锌、波尔多液等及 其成份复配剂。
防治叶斑病应于发病初期和雨后及时喷药，着重喷中下部茎叶，上下打透，不留死角。
3、霜霉病：南星、附子、板蓝根、蒲公英、桔梗、菊花为易感病品种。近年来选出的特效药有：西安美邦48%甲霜灵锰锌、48%瑞毒锰锌、霜怕（80%烯酰吗啉）、金霜疫（苯噻菌胺 烯酰吗啉）、氟吗啉、异菌脲。气温较低、湿度大、多雨季节、大雾天、露水大时极易发病。喷药时应均匀周到、雨后必喷。发病初期连续防治1-2次，控制住病情发展。
4、疫病：主要危害北沙参。特效药同“霜霉病”。雨后高温高湿、光照不足、通风不良有利病害发生。发病初期重点喷中下部茎叶。
5、白粉病：易感病品种：防风、黄芪、枸杞、芍药、板蓝根、甘草、蒲公英、黄芩、荆芥、附子、当归、川芎、金银花。防治时选用乙嘧酚、醚菌酯、戊唑醇、已唑醇、丙环唑、苯醚甲环唑、腈菌唑、氟硅唑等特效药。植株过密田间高温高湿有利病害流行。采用全株喷淋式防治法，喷匀喷细不漏喷。混合用药、交替用药，防止产生抗药性。
6、锈病：贝母、甘草、北沙参、射干、黄芪、白芍、党参、紫苑、菊花、苏叶、薄荷发病最重。特效药：醚菌酯、丙环唑、腈菌唑、烯唑醇、三唑酮乳油。
7、炭疽病：主要危害山药、南星、枸杞、红花、半夏、薄荷。咪鲜胺、炭特灵、戊唑醇、丙环唑、氟硅唑、波尔多液为特效药。
8、轮纹病：生地、元参、芍药、桔梗、大黄易感病。特效药：氟硅唑、氯溴异氰尿酸、80%代森锰锌、70%甲基托布津、波尔多液。
9、花叶病：北沙参、生地、白术多发生。盐酸金刚乙胺、盐酸金刚烷胺、氨基寡糖素、吗啉瓜乙酸铜、三氮唑核甘特效。注意防治蚜虫、白粉虱，发病初期连续防治2-3次，及时控制扩展是关键。
10、枸杞瘿螨：目前发现为危害枸杞。可选用阿维菌素、达螨灵、石硫合剂于枸杞芽尖露绿越冬成虫出蜇期、5月下旬至6月上旬枸杞展叶成螨产卵期和10月份成螨越冬期，三个出瘿成螨外露期防治。
11、钻心虫：北沙参、白芷、川芎、防风、当归、附子、射干、菊花、瓜楼、薏苡受害最重。可于北沙参种子田孕蕾期、6月20日至6月25日、7月20日左右三、四代卵孵化盛期喷药防治。选用专杀钻心虫（三唑磷 氟虫腈）、甲维盐、甲维氟铃脲、“抗宽”类防治。其它药材钻心虫在卵孵化后未钻蛀前防治。
12、菊花瘿蚊：只危害祁菊。选吡啉灭多威、乙酰甲胺磷、甲维盐等内吸高渗性药最好。祁菊现蕾期危害严重，必须加强防治。
13、斑潜蝇：红花、菊花、白术、南星、板蓝根叶片上常见虫斑。用阿维菌素、灭蝇胺防治。
14、根结线虫：对山药、北沙参、丹参、白术、瓜楼、黄芪的危害逐年加重。土壤处理采用阿维菌素、阿维克线丹、线净、菌线威。用菌线力克或阿维菌素灌根。无线D茎叶喷雾防治。
15、红白蜘蛛：危害所有药材。但以北沙参、南星种子田、柴胡、苏叶、丹参、桔梗、生地、元参、当归、白芷、甘草、黄芪受害最重。阿维菌素、阿维达、炔螨特、唑螨酯、达螨灵防效最高。
16、小菜蛾和菜粉蝶：这两种害虫是板蓝根的主要食叶害虫，危害重难防治。近几年选出的特效药有：甲维盐、甲维氟铃脲、甲维氟铃毒死蜱、“抗宽”系列、氯虫苯甲酰胺。应于5、6月和8月小菜蛾幼虫两个发生高峰期，5月上旬和秋季菜粉蝶幼虫主要发生期喷药防治。防治小菜蛾着重叶背面喷药。
17、棉铃虫类（含棉铃虫、甜菜夜蛾等鳞翅目害虫）：危害所有药材。特效药为:氯虫苯甲酰胺、甲维盐、高氯氟氰菊酯、氟铃脲、联苯菊酯、“抗宽”系列、垄歌TM。幼虫低龄期防治，食心虫未钻蛀前防治。
18、蚜虫：各种药材受害。以白术、北沙参、柴胡、板蓝根、菊花、当归、黄芪、防风为主。选择吡虫啉、啶虫脒、吡蚜酮、丁硫克百威、烯啶虫胺防治。
19、小灰象甲：食性杂，危害多种药材，主危害北沙参、白术、黄芪、牛膝、白芷、桔梗、薏苡。幼苗出土时受害最重，常造成缺苗断垄。防治重点在幼苗出土期，早10点前、下午4点后，撒施杀虫颗粒剂或喷洒特效药剂。马拉硫磷、敌马合剂、氟虫腈防效最好。
20、地下害虫（含蝼蛄、蛴螬、金针虫、土蚕等）：危害所有药材。对根及根茎类药材影响最大。毒辛颗粒剂及乳油、二嗪磷土壤处理、随水冲施效果均好。禁止使用甲拌磷、特丁硫磷、神农丹、克百威等高毒高残留农药。