一、破损污染
1、容器破损分装、灭菌、接种；运输、培养过程中，未轻拿、轻放造成机械破损。
2、鼓气破损灭菌时急骤升温、升压或急骤降温；排气速度过快，使袋鼓气破损。
二、棉塞污染
1、棉塞污染试管口沾有培养基或瓶(袋)口不干净或培养基与棉塞相接触。
2、棉塞受潮灭菌时叠放不当，加水过多或灭菌灶砌制不合理或培养料湿度过高，棉塞吸潮而污染。
三、接种污染
1、环境不洁净,接种室太大，不密封，接种室环境不清洁，消毒不严。
2、消毒不严格接种箱不密闭，消毒不彻底或超净台接种前未按要求提前开机，接种工具及操作人员双手未消毒或消毒不严。
3、无菌意识差未按无菌操作规范做，要求不严格。
四、毋种带菌
1、检查不勤母种、原种培养过程中，未定期检查除杂，杂菌被菌丝覆盖而未被发现。
2、工作不严转管或扩制母种随拿随用，未作仔细检查，而误用了已污染的菌种。
五、拌料污染
1、拌料不匀拌料时培养料未充分拌匀，棉籽壳未充分预湿，夹带颗粒状或水分不足，造成部分偏干，形成灭菌死角。
2、原料带菌拌料时使用了霉变、不新鲜原料，造成原料本身带有大量杂菌。
六、灭菌污染
1、灭菌不彻底常压灭菌时间不足或湿度不够；高压灭菌未排除冷空气造成假压强或压力表失灵。
2、叠放过紧装锅时叠放过紧，影响蒸汽穿透而产生死角。
3、漏气严重由于灭菌锅漏气达不到所需要的温度。
七、培养污染
1、环境潮湿培养室相对湿度过高,超过70%以上，有利于杂菌滋生以及棉塞吸潮而造成污染。
2、棉塞过松棉塞做得过松，空气中杂菌乘虚而入。
3、场地龌龊培养室不干净，空气中杂菌密度大，场地没有经常进行杀菌消毒。
4、虫鼠危害老鼠啃咬棉塞或菌袋，并带入杂菌。或培养基内滋生螨、谷盗等虫害。