1、病害：白芷生产中病害发生较少，有时发生灰斑病和斑枯病。这种病由真菌中的一种半知菌引起，主要危害叶片。
病斑初期为暗绿色，后扩大成为白色融合成多角形大斑，后期在病叶上出现小黑点，最后致叶片枯死，一般5月初开始发病，直至收获，危害时间较长，是白芷的重要病害。通常选择白芷健壮无病叶植株。
防治方法：为减少病害的来源，增施有机肥料，改良土壤，增强抗病能力。生产上发生病害，前者可用1∶1.5∶300的波尔多液或65%代森锌500倍液。从6月开始，连续喷2―3次；后者可喷1∶1∶100的波尔多液1―2次，以防感染，扩大危害。
2、虫害：白芷的虫害主要是苗期和花期危害，蚜虫、食心虫和黄凤蝶，常见叶片或花吃光，影响植株发育和果实的成熟，食心虫咬食种子，严重时可造成种子无收。
防治方法：可在幼虫活动期进行人工捕杀。前者用乐果2000倍液，敌敌畏乳油1000―1500倍液喷雾毒杀；后者喷90%晶体敌百虫1000倍液，每隔5―7天喷一次，连续2―3次。