1、全草入药的收获方法
播种繁殖的在播种后第2年，分根繁殖的在当年7～8月开花前或开花初期割下全草，留茬5～10厘米以利再生。南方生育期长可再收1次。全草晒干，切段即成。一般种植4～5年后更新。
2、根芽入药
种子繁殖的于第2年秋季，分根繁殖的于当年秋季采挖地下根茎，抖去泥沙，掰下根芽，平均每株可产15枚。晒干即可入药或制成粉剂或片剂。仙鹤草酚的含量因栽种方法不同而异；播种繁殖2年生含量约4.6%，而分根繁殖1年生的含量高达7%。采收期不同含量差异也很大，如11月30日采收的比11月1日采收的含量高47%，根芽产量也高10%左右。
3、种子采收
建立留种田或在收割地上部时选生长良好的田块留下，增施肥料，加强管理，促进果实种子的发育。在8月中旬后，种子由绿变褐略呈干燥状时割下，晒干，打下种子贮存于通风干燥处备用。