陈水扁角逐连任台湾领导人
寄语：2004年3月20日举行的台湾省第11任领导人、副领导人选举，国民党和亲民党的组合在2003年2月14日确定连宋配。2004年3月19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲于台南游行造势途中，发生枪击案，陈水扁只受到肚皮擦伤。枪击案曾请国际知名鉴识专家李昌钰博士返台进行鉴识。
3月20日，选举开票，陈水扁仅以0.228%之差险胜连任，蓝营政治人物和支持者认为枪击案影响了选情，才使陈水扁再度连任。对于枪击事件的真相认定，蓝绿双方存有极大的歧见，并由此埋下了台湾政治界的对立。
对于此次枪击案的侦查，台湾旅美专家李昌钰返台协助调查证据，其鉴识报告指出，陈水扁的伤口是土制枪支造成，并建议以子弹追枪，以枪追人的调查方向。台湾当局刑事警察部门专案小组依此追查，但最后并没有直接证据指出陈义雄涉案。
他在2100全民开讲台南外景时公开批评陈水扁的执政，因而专案小组认为不满执政是其犯案动机之一。但因该凶嫌已经自杀身亡，真相迄今无法理清。
在2004年台湾省领导人大选中，陈水扁竞选连任成功，以0.228%之差距击败对手连战，群众游行表达抗议，更衍生出邱毅等立法委员开车冲撞地检署，撞伤多名维持秩序之员警的案外案；连战并在落选的群众讲话上疾呼，提出选举无效及当选无效之诉。
“台湾高等法院”于2004年11月4日下午4时2分正式宣判，陈水扁当选无效之诉驳回，连战败诉，民进党籍候选人当选有效。
谢长廷“内阁”
游锡堃内阁于2005年1月24日总辞，游锡堃转任台湾地区领导人办公室秘书长，由高雄市长谢长廷北上组阁。
谢长廷担任台湾地区行政管理机构负责人前后，提倡和解共生，是为“和解共生内阁”并空下台湾地区行政管理机构副院长的位置给国民党江丙坤，国民党主席连战拒绝批准江丙坤出任。
谢长廷任内，台湾地区行政管理机构大部分阁员都留任。谢长廷等执政党成员为节省选举支出，合议了2005年底的县市长选举可以合并基层的选举，即三合一选举。
苏贞昌“内阁”
2006年1月17日，谢长廷以总预算案覆议未获在野党支持为由向台湾当局领导人请辞，陈水扁批准其辞呈。谢长廷遂于1月23日宣布内阁总辞。1月25日，陈水扁任命前民进党主席苏贞昌为台湾地区行政管理机构负责人。
苏内阁以“走正道、做实事”自许，是为“实事内阁”。渡过了台北高雄市长选举后，苏贞昌宣布参与民进党台湾当局领导人提名初选，与谢、游、吕三人竞逐台湾当局领导人提名，后来谢长廷胜出。
由于竞选民进党台湾当局领导人提名失败，为了方便选举布局，苏贞昌于是2007年5月12日请辞，陈水扁批准其辞呈。
张俊雄“内阁”（第二次）
2007年5月，接替请辞的苏贞昌，重新回锅担任台湾地区行政管理机构负责人，其内阁阁员仅就苏贞昌时期小幅更动[renwugushi.com]。
2008年1月，打破宪政惯例：张俊雄内阁（或由陈水扁指示）先于1月24日依照宪政惯例总辞，却于1月29日撤回总辞案（或由陈水扁指示），一切内阁官员完全照旧。张俊雄内阁撤回总辞案的理由是“维持政局安定”。第二次张内阁为“看守内阁”。
此项“行政院内阁应于新任“立法委员”就职前总辞”的宪政惯例首见于1992年郝柏村内阁，并由司法机构大法官于1995年10月的释字第387号解释确立正式宪政效力；1997年宪法增修条文修订后，领导人可不经任何副署地任命行政院长，但十余年来历任行政院长均恪守此宪政惯例，毫无例外－－直到张俊雄第二任内阁。
外交政策
在两岸和外交政策方面，虽然陈水扁是一名“台独”理念坚定的政治人物，但在中共和美国等各方压力下他于2000年5月20日台湾当局领导人就职演说中提出了“四不一没有”的承诺，暂时在一定程度上缓和了中共对他的疑虑，当时中国总理朱镕基回应“四不一没有”，中共将对陈水扁“听其言、观其行”。
一年之后陈水扁提出“一边一国”论，由于中共政府并不承认由中国台澎金马地区人民民主选举所产生的政治实体为一主权独立的国家，因此中共政府对陈水扁提出的这些宣示强烈抗议，后来陈水扁依照台湾民众的要求终止了“国统纲领”。
2007年3月4日，陈水扁在出席台湾人公共事务会晚宴时，发表“四要一没有”，即“台湾要独立、台湾要正名、台湾要新宪、台湾要发展；没有所谓的左右路线问题、只有独统问题”。
不过，他自己也曾表明，民间部分人士对于在他台湾当局领导人任期内把中国的国号改为台湾共和国表示，“要改国号，要把国号中国改为台湾共和国，必须经过四分之三国会议员同意，以现如今来讲，支持民进党政府的席次不到国会半数，遑论要达到四分之三，这是不可能的事情。
纵使有这些想法，但是客观的环境是做不到的。不能够骗自己，也不能够骗别人，做不到就是做不到”。
陈水扁在外交政策方面，还推出了“烽火外交”的政策，用大量金援友邦的方式，积极与中国打邦交国争夺战，中国政府的邦交国的数量从陈水扁上台时的31个，减少为下台时的25个。
陈水扁执政末期，爆发了有关金援友邦的“巴纽案”，导致了外交部长黄志芳下台，“烽火外交”的主要操控者邱义仁接受司法审查，并遭到检方收押。
由于陈水扁的外交政策多变，经常违背承诺，并不断挑动中共敏感神经，制造台海危机，也导致了与中共关系的紧张，中美政府同将陈水扁归类为“麻烦制造者”（troublemaker）。据民进党元老林浊水透露，布什非常讨厌陈水扁，并在2008年3月，在白宫内阁会议上讨论亚太事务时，美国总统小布什还曾骂陈水扁是“狗娘养的”（SOB） 。
以台湾名义加入联合国
2007年7月19日，所罗门群岛等三国常驻代表向联合国秘书处转交了陈水扁致联合国秘书长函，提出“以台湾名义加入联合国”之申请书，但遭联合国立即退回，理由为联合国只受理非联合国会员国的新国家的申请加入案，而台湾是中国的一部分，并非国家，台湾省在联合国的合法地位，也已经被中华人民共和国所取代，所以不予受理。
联合国副发言人冈部万里江发表说明：“由联合国两个会员国提出的台湾申请加入联合国案，因为违反了联合国大会2758号决议文，因此信件无法被受理，并且由联合国法律事务厅退回。”
陈水扁推动“以台湾名义加入联合国”的公投案，引起美国和中共的高度紧张。美国前国务卿鲍威尔亲自来台，说明美国立场，即美国的立场没有任何改变，美国重申中美建交三个联合公报，重申“一中原则”，反对台湾独立，两岸问题须通过两岸人民都能接受的方式和平解决，美国认为“台湾”、“台湾省”都不是一个国家。
白宫国安会亚洲事务主任韦德宁说：美国发现民进党以“台湾”名义入联推动公投的作法，有点令人困惑。他说，由于台湾在目前的情况下，根本无法加入联合国，也只会增加两岸关系的紧张，“推动这个公投有何用处？”所以美国认为毫无必要。台湾地区有很多政论名嘴认为，陈水扁推动这个公投案，纯属煽动族群，挑衅两岸，制造悲情，为民进党争选票的行为。
国民党为了杯葛这个公投案，又发动了“以台湾省名义重返联合国”的公投案，最终结果，民进党的“入联公投”，国民党的“返联公投”都没有跨越50%的生效门槛。
辞去党主席
在2008年1月12日的2008年台湾省“立法委员”选举前，民进党喊出稳定泛绿基本盘，放眼国会五十席的口号，但选举结果民进党遭受创党以来最大的惨败，在不分区与区域立委所获得的总席次仅27席，身兼民进党主席的陈水扁宣布辞去民进党主席职务