陈水扁担任台湾领导人时期
寄语：世界上只有一个中国，大陆和台湾同属一个中国，中国的主权和领土完整不容分割。反对“台独”分裂，实现国家统一，是我们坚定不移的立场，决不允许任何人以任何方式把台湾从中国分裂出去。我们严正警告台湾分裂势力，不要错判形势，立即悬崖勒马，停止一切分裂活动。
首次竞选“领导人”
1998年台北市长选举落败之后，同年底入府晋见时任“领导人”的李登辉（当时为国民党籍），李登辉公开推荐一篇《从摩西到约书亚》的文章给陈水扁，引发舆论对“谁是李登辉的约书亚”的广泛讨论。
1999年陈水扁出访外国进行“学习之旅”，并出版《台湾之子》自传书为其参选2000年台湾地区“领导人”大选铺路。但当时民进党有所谓“四年条款”的内规，即规定党内同志不得在四年内参选不同公职，此乃民进党为维持有限政治资源的公平分配及避免“骑驴找马”的投机心态而设下的，陈水扁由于先前已选择参选台北市长，所以理论上已无法参加“领导人”党内初选，不过因为陈水扁具有高度民意，所以部分民进党人士有意专为陈水扁修改四年条款。
虽然陈水扁本人公开吁请民进党同志勿为其一人量身订做规定，也口头表态支持许信良出马，但实际上台面下的动作暗潮汹涌，最终在大老黄信介等有力人士的运作下，民进党通过修改四年条款使陈水扁得以解套参选。同年7月，陈水扁在民进党党内初选胜过许信良，获民进党提名为“领导人”候选人。许信良之后退党参选。
2000年“领导人”大选时国民党又一次分裂，国民党提名时任“副领导人”的连战参选，前台湾省长宋楚瑜则退党参选。选举过程中，宋楚瑜的选情原本被看好，但在国民党议员揭发“兴票案”丑闻后急转直下，选举结果最终陈水扁以39.3%的得票率当选“领导人”，胜过第二名的宋楚瑜30万票。陈水扁于5月20日就任第10任“领导人”，实现台湾地区的首次政党轮替与政权和平转移。
唐飞“内阁”
台湾当局的“内阁阁揆”之“行政院院长”一职，原本希望由在大选中助陈水扁一臂之力的“中央研究院”院长李远哲担任，但是在李远哲拒绝后，面对变成在野党的国民党在“立法院”占有多数席次，为了安定政局，故提名国民党籍，行将卸任的“国防部部长”唐飞担任阁揆，并于2000年5月20日上任。然而续建核四与否的争议愈来愈大，加上八掌溪事件的发生，唐飞“内阁”支持率降到低点，面对民进党秘书长吴乃仁的炮轰，结果唐飞于2000年10月6日辞职。
张俊雄“内阁”（第一次）
唐飞以后，由“副院长”张俊雄于2000年10月接任“行政部门院长”（时民进党在“立法部门”席次占少数），主掌“行政部门”。由于宣布停建核四的结果，朝野开始紧张。
在停止兴建核四问题中，陈水扁坚持停建核四。当时的国民党主席连战正与领导人陈水扁会谈（媒体称“扁连会”），会中连战说服陈水扁续建核四；扁连会结束一小时后，行政部门马上宣布停建，导致国民党籍与亲民党籍立法委员认为陈水扁玩弄两面手法，提案罢免领导人。2001年1月15日，司法部门大法官作出释字第520号解释文：“行政部门没有不执行立法部门通过法案的权力。”后，陈水扁于是让步，宣布续建核四。 “核四停建”决策的代价，经建会日前在审查核四建厂追加预算案时，官员就发现核四停建110天，除了要追加543亿元外，每延后一年估计替代发电的燃料成本将增加200亿元，5年燃料成本增加逾1000亿元。由于核四停建损失惊人，当时主持预算审查的“经建会”副主委还特别要求对外保密，但消息还是泄漏出来。
2001年5月，陈水扁依前领导人惯例自己颁发了一座采玉大勋章。台湾当局马英九的发言人王郁琦证实确有其事，同时表示马英九若有需要也会比照办理。由于该勋章在台湾地区象征最高荣誉，依照勋章条例第3条，“领导人佩带采玉大勋章。采玉大勋章得特赠外国元首，并得派专使赍送。”第10条，“因犯罪褫夺公权者，应缴还勋章及证书。”然而，佩戴和特赠并不相等。在扁家弊案爆发后此举更受质疑。如果扁案定谳有罪，马英九政府是否会收缴陈水扁的采玉大勋章，亦颇受关注。
2001年12月的立委选举，国民党的席次因亲民党的挑战而大幅滑落，民进党成为“立法部门”最大党，完成党内所托任务的张俊雄遂于2002年1月末，依宪法以阁揆身份向领导人负责为由率领内阁总辞，后领导人再任命时任领导人府秘书长的游锡堃接任。
游锡堃“内阁”
2002年，游锡堃初掌行政院时，自许全体阁员应向蒋经国内阁看齐，并积极推动大建设（如台湾高铁、北宜雪山隧道、苏花高速公路、西部各县横向的快速公路），自号“战斗内阁”。
陈水扁曾经反对党政合一，然而就任后兼任民进党主席。该提案由谢长廷提出。
同年年底，发生农渔会信用部风波，曾经向陈水扁三次请辞，结果被慰留。
2004年，陈水扁成功连任领导人，游锡堃获续任行政部门负责人，并期待年底立法部门选举胜利得以续任。然而由于年底立法院选举，民进党高额提名，国亲新票源大部整合，因此泛绿阵营未能过半，游锡堃辞职以示负责。