百香果可以放在常温、通风处自然保存。也可以用保鲜膜把它们包裹好，放在冰箱里防止氧化。这样可以保存半个月左右。也可以把它们的果肉挖出来冷冻保存。这样可保存一年左右。或者，还可以把它们的果肉加工成果酱。用这种方法同样可以有效地防止百香果的氧化，并且保存的时间也比较长。
一、放在阴凉通风处
百香果最好在阴凉通风的地方保存，这样的存放环境一般可以保存一周左右。储存时间长了，百香果的果皮会起皱。很多人觉得这样的百香果就是坏了，变质了，但其实它们还没坏。即使果皮起皱，也不影响百香果的果汁和果肉，可以正常食用。
二、冷藏保存
如需较长时间保存，则建议采用冷藏方式保存。把每个百香果用单独的袋子或保鲜膜包好，放入冰箱冷藏保存，一般可保存两周左右。还可以把百香果的果肉挖出来，冷冻保存。这可以有效地防止百香果氧化、变质。冷冻的百香果可以保存一年的时间。
三、制作果酱
保存百香果，还有一种方法，就是用它们制作果酱。果酱的制作方法与其它果酱大致相同，先将百香果的果肉挖出来放入碗中，加入白砂糖，搅拌均匀，放入锅中加热煮沸后，转小火，在此过程中要不停地搅拌，待果肉变深、汁液也变浓后，再将其装进密封的玻璃瓶中，冷却后放入冰箱。这样虽然会破坏百香果中的维他命，但由于经过高温加热，所以能保存时间也会相对较长。