体检发现肿瘤标志物阳性，可能是恿性肿瘤，也可能不是。若要确诊，还需要进一步用CT、B超等方法检查。肿瘤标志物只是肿瘤的辅助诊断指标。目前，由于特异性100%的肿瘤标志物仍然没有找到，每种肿瘤标志物都有一定的假阳性。引起假阳性的因素有:①良性疾病，如炎症性疾病会使一些肿瘤标志表达增加。肝脏良性疾病时，AFP、CA19-9、CEA 和 TPA〔肿瘤多肱抗原），肾功能衰竭时,-MG (β,微球蛋白）及CA15-3、CA19-9、CEA水平均会升高。②有一些生理变化，如妊娠时AFP、CA125、hCG(人绒毛膜促性腺激素）也会升高。③某些疾病，如风湿病时CA19-9浓度可增高。另外，已发现屡次进行直肠检查后，PSA和PAP（前列腺酸性磷酸酶）值可升高，因此采血前不应进行直肠检查。
但是也有临床已确诊癌症而肿瘤标志物检查却为阴性，原因是肿瘤标志物的灵敏度不高，并受多种因素影响。引起假阴性的因素有:①产生肿瘤标志的肿瘤细胞致目少。②细胞或细胞表面被封闭。③机体体液中一些抗体与肿瘤标志(肿瘤抗原）形成免疫复合物。④肿瘤组织本身血液循环差，其所产生的肿瘤标志物不能分泌到外周血中去。此外，血标本的采集、储存不当也会影响肿瘤标志测定的结果。
肿瘤标志物一般不适宜对无症状的人群进行普查。当然，有些肿瘤标志物确实可考虑用于高危人群的普查，如在乙肝表面抗原（HBsAg）携带者和肝硬化患者中检测AFP，在疑似绒毛膜上皮细胞癌的急者中测定HCG，在甲状腺髓样癌易感家族中检测降钙素等。