电子内镜应用于临床已20年，与纤维内镜相比有下列优点:不存在因纤维柬断裂产生的黑点、黑斑，从而引起导光质量进行性下降的问题;电子内镜图像鲜明清晰，观察黏膜细致，使用多年的电子内镜观察仍可清晰如初，这是纤维内镜远不能及的;放大效果明显，可对小病灶作仔细观察;可多人观察荧光屏，集恐广益，对检查和治疗质量起监督和保证作用;活检取材和治疗时操作者、助手配合更默契;录像、快速成像或扫描打印成像技术有利于会诊、讨论和为病人制订最佳治疗方案。
但目前使用的电子内镜与纤维内镜相比，其差别仅为量变，即电子内镜能发现的病变，经纤雏内镜一般也能发现。新型高分辨率电子内镜能观察到黏膜及毛细血管细微病变。电子内镜已显现出取代纤维内镜的趋势。