甲胎蛋白是早期诊断原发性肝癌最灵敏的癌症指标，迄今为止，作为癌症诊断一的指标，比较准确。相关专家认为，肝病患者的肝脏免疫系统在不能够抵抗肝炎病毒的变异和癌细胞的生长时，肝脏肿瘤免疫功能出现异常，AFP就会升高。
肝炎、肝硬化患者AFP的动态变化规律，由于肝炎病毒的变异有快有慢，所以肿瘤免疫功能出现异常的程度也不相同。当肝炎病毒变异加快时，免疫功能的异常程度就高，AFP升高，当肝炎病毒变异缓慢时，AFP会暂时下降，但过一段时间又会上升、反弹，呈现波浪式变化，在发生癌变时，AFP直线上升，居高不下。
肝癌患者AFP的变化与病情密切相关，AFP高者则预示不佳,AFP的高低直接反映了肿瘤的大小，AFP含量上升提示病情恶化，AFP动态变化也是显示治疗效果优劣的一项敏感的指标，通常肝癌手术切除后，AFP值应降至25μg/L以下，如若降的不多，则提示切除不彻底，如降而反弹，则表示肝癌复发。