沉香在日本也有着悠久的历史，并且对其有着深入的研究，特别是近现代以来利用现代科技手段对沉香的分析，相关论著多来自日本，而日本的传统用香方式也一直保存了下来，逐渐演化为极具特色的香道，独立世界艺术之林。下面就一起看看沉香在日本的使用与研究吧。
传统用香
沉香的传统用香多源于中国，鉴真东渡时带去了佛法，也带去了沉香。日本用香最初受唐朝影响较多，《源氏物语》中就多有描绘平安时代的王室贵族们像唐朝贵族们那样举办香会，品香、斗香。
烧香：将沉香、檀香、丁香、龙涎香等七到十种香料混合在一起放在碳上燃烧，供奉在佛龛之中。
香：包括沉香在内的多大二十种香料磨成粉，通过加入蜂蜜或梅肉作为粘结剂经手工揉搓成丸，密封在瓷罐中，埋入土中保存至少三年的时间。在土中的醇化时间越久，香味越浓郁。
线香：在日本最常见的香制品，不同的燃烧时间长短粗细各异，沉香含量和等级的不同，价格高低有别。类似的还有香锥和香袋。
其实不难看出，日本用香和中国传统用香在形式上并无不同，很多只是细节上的差异，不过在合香时引入中医的理念，将香药用是中国特色。
医药应用
沉香是香，也是药材，中医对其早有应用。不过，对于沉香中的成分分析，日本的研究要多一些。现代对沉香、奇楠的深入解析，更多会参考日本的一些著述。据占全日本沉香进口总量约20%~30%份额的知名沉香进口商的统计，每年约有20%的来自马来沉香进口沉香被用于医药行业，估算用量不超过一吨。医药行业使用的沉香比宗教和文化用途的沉香级别要低。
总的来说，无论在日本还是在中国，无论过去还是现在，最被人们津津乐道的还是沉香的香气，在现代制药中沉香可以有着众多的替代品，而用于宗教和文化，沉香的地位始终无可替代。（《为什么沉香名品要选择正产区的？》）