古人说：“无瑕不成玉”，天然的东西是很少能达到完美无暇。和田玉的瑕疵主要有绺、裂、脏、棉、僵、水线等，但这正是和田玉生成过程中不可缺少的部分，也正是有了这些瑕疵，才赋予了和田玉的生命。
1、棉
棉是和田玉体内的白色结晶的聚集体，棉的成分为二氧化硅。在和田玉中，无论是籽料，山料，都存在棉絮。只是有些是肉眼可以看到的，有些是玉质里面隐藏的。
棉有很多种形态的，从外形上分，小的成点状，大的成片状(云雾状的，菊花状等)。还有一种皮下棉，就是棉在肉的里面，绝大多数的棉，仅肉眼就能看到，但一点细小棉点深藏在肉内的，是肉眼难以发现的，但一打透光，就可以发现了。一般来说，如果肉眼难见的棉点，对于一件籽料作品而言，是可以忽略不计的。
2、裂纹
俗话说：“十籽九裂”，籽料存在的裂纹，让人十分痛心。玉石籽料在恶劣的自然条件下由于撞击、挤压以及水冷冻膨胀等复杂因素的作用下，一般都会形成裂纹。其中指甲抠不到的称为“纹”，抠的到的称“裂”。不管是裂还是纹都有死的和活的之分。
一般来说，死裂和玉石的表面呈小角度分布，较浅，由于形成的时间较长，这种裂伤往往带有沁色。我们也把这种裂称为“带沁老裂”。带沁老裂一般不会再发展，加之其带有的沁色变化多端，往往被视作了籽料的特征。
需要警惕的是活裂。顾名思义，活裂是会长的，这个“长”指的是变长加重，不是愈合。其如同玻璃上的裂纹，纵、深、利，且不易察觉。日常佩戴的磕碰，甚至雕刻中的高频振动，都可能让情况进一步恶化，甚至完全断裂开来。
3、僵
玉石里“僵”也有“浆”的说法，和田玉带僵的部分其实就是一种瑕疵，带僵的和田玉外皮与其它地方有差别，带僵的和田玉料子可以用手电筒鉴别。有僵的地方用手电筒照射，光线不能够进入内部，淡从这点上就能够判断出玉石是否有僵。
和田玉带僵一般分成两种，硬僵与窜僵，带有僵的和田玉价值不高，而人们在选择时是比较愿意选择硬僵的玉料。
因为和田玉具有硬僵说明玉料比较细腻。窜僵料通常都不是很好，因为窜僵料一般都是外表美观，而内部非常差，表里不一、不易收藏。
和田玉窜僵料是最没把握的料子，有可能从外面看着很美的一块料，里面质地很差，是尽量不碰的材料。
4、水线
水线就是玉石里面一条半透明的像筋一样的东西。水线中的透闪石晶体为细长纤维状，具有明显的定向性。较高的透闪石含量，和定向紧密排列的显微纤维构造，是造成水线透明度较高的主要原因。
如果水线在玉表面并且粗犷的，用肉眼一般都可以看到。但是也有少部分的水线看不到，那是因为这种水线很细小，且在肉内而不浮于表面，皮色籽料上面还有皮色掩盖，所以仅凭肉眼难以发现。不过用手电筒很容易看到。
水线对和田玉价格的影响是相对的，不是绝对的，要具体情况具体对待。不过在和田玉的几种瑕疵当中，水线是最让人接受的一种。
因为水线可以作为砍价的本钱，同时水线一般都是和玉本身的颜色差不多。如果在肉内，基本不影响美观。有些人不喜欢水线，觉得是瑕疵。而有的人则就挑有水线的玉料购买，他们认为带水线的和田玉料会比较细腻。综合来说水线对于价格的影响在瑕疵中是较小的。