在选购彩色宝石时除了看颜色的浓淡之外，还有重要的环节就是看宝石的净度。一颗净度非常好的宝石不仅可以把宝石的颜色衬托的更加美丽，也是判断一颗宝石有没有收藏价值的重要标准。
对宝石净度的评鉴，应主要从表面是否有瑕疵和内部是否有杂质两方面入手。其中，表面瑕疵包括切割师在打磨过程中留下的印记或因长期佩带而留下的摩擦痕迹。这些瑕疵属于表面印记，将宝石再次抛光打磨即可消除，并不影响对其净度的评鉴。内部杂质则是影响宝石净度指标的主要因素，包括洞痕、缺口、云状物、羽裂纹、手指纹、内含晶体、针状物、针点等。张军表示，宝石的内含物越多、越明显，其价值就越低。
在彩色宝石业界，通常把宝石的净度分为一类、二类、三类共三个等级。
一类净度的宝石用肉眼看不到杂质，代表品种有：绿柱石（绿色、黄色、粉色）、海蓝宝石、绿碧玺、蓝色锆石、金绿宝石（绿色、黄色）、坦桑石、水晶（茶水晶、黄水晶）、锂辉石（粉色、绿色）、托帕石（蓝色、黄色、橙色、粉红、红色），这些宝石颇受高端珠宝商的青睐。
二类净度的宝石会有内含物且肉眼能够观察到，代表品种有：红宝石、蓝宝石、彩色蓝宝石、碧玺（蓝色、橙色、紫色、黄色、双色但不包括西瓜碧玺）、亚历山大变石、锆石（绿色、橙色、黄色、红色）、紫水晶、尖晶石（所有颜色）、橄榄石、堇青石。
三类净度宝石的内含物较多且十分明显，代表品种有：祖母绿、碧玺（红色、粉色、西瓜碧玺）。
值得一提的是，尽管祖母绿宝石的净度没有那么高，但其却凭借着艳丽的翠绿色跻身顶级宝石行列，价格甚至超出其他种类净度好的宝石。