水波纹，是瘿子的一种表现形式。水波纹从名字当中我们就可以大概知道，呈现出石头扔到水里荡起的水波的那种感觉体现在紫檀上，也可以描述为绸缎在灯光下反射出的样子。密度大、油性好的小叶紫檀水波纹有河水波光粼粼，荧光的感觉似的，非常漂亮，非常好看。
几乎所有的树木都会形成类似“水波纹”“S纹”的纹理。而且，生有“水波纹”“S纹”的地方大部分生长在树木的根部，是由于根部的树纤维受到挤压使竖向的纹路在横向上发生了多次弯曲，树木受到“委屈”，不得不产生的“效果”。
所以，“树纤维生长方向的混乱”是形成“水波纹”“S纹”的必然条件，正是这种“压缩”的效果，使“水波纹”的质地同等其他部位的木质，密度更大，油性更好，质量更重。也可以理解为“水波纹”“S纹”是天然林自然生长，更是老料中的“精华”。
水波纹在氧化变黑后，在强光下是若隐若现的感觉。并不是完全看不见。
那么小叶紫檀的水波纹究竟是怎么形成的呢，跟紫檀结瘿的地方有很大关系，因为瘿的地方存在密度不同区域，再加上遇到区域为条纹状的，所以产生光线折射度的不均匀，造成波浪视觉效果的，这样就形成的我们所知道的水波纹。
还有一种就是可能是由于树木在生长期受到了外界的影响，如岩石挤压等，纹理扭曲等，渐渐的形成了一种类似水波的纹理，这也是树木在病态的一种体现，甚为稀少。且由于成长于恶略环境中，所以必为野生林，相比人工林的木质疏松，野生林木质结构更为紧密。
木因病成瘿，其中多种表现形式。紫檀瘿中就有因密度不同且呈条纹状造成对光线折射度的不均匀而产生波浪效果的，即＂水波纹＂。此特征多在病态紫檀的表层体现，日久更明显，具有较高的观赏价值。