一般持念珠念佛是由母珠旁的念珠开始, 每念佛号、经文或咒语一遍即用心捻掐一颗念珠, 间珠不算, 如有记子每捻珠念佛满一串珠时即拨动一记子, 而捻珠至母珠时多不越过, 而逆向而回, 因为据金刚顶瑜伽念珠经所戴, 各念珠表示观音, 母珠表示无量寿或修行成满之佛果, 故捻珠至母珠时要逆向而还, 否则即犯越法罪。
除了一些宗派如密宗对持念珠有一定规定外, 其他的记载大多没有严格的规定, 如对持珠及念珠有个别问题, 可请示经常出入的道场出家人或前辈同修。
念珠乃身外之物, 我们念佛诵经主要是内心, 不要被物所系, 被物所碍。更不要被困在手上的念珠是什N质料, 要多少颗数, 要如何掐捻, 要拿在左手还是右手, 放高拿还是垂下。我们持珠但求方便及自在, 也不必要强求庸人自扰的持珠方法, 如「金刚经」所说: 「凡所有相皆是虚妄, 若见诸相非相, 即见如来」, 念珠也是相之一, 所以我们使用时不要过份计较它。