健康的指甲不易受到感染，指甲感染真菌的趋向可能与遗传、糖尿病局部动静脉循环和淋巴回流障碍、周围神经性疾病等因素有关，在潮湿环境作业及经常受外伤的指甲容易被真菌感染。
脚趾的灰指甲大多由足癣直接传播：手指灰指甲则可能从手癣传播或由经常抓足而感染。指灰指甲在足趾比手指更多见。指灰指甲多由其他丝状真菌、酵母样菌及酵母菌等引起，大多见于营养不良的指甲，现已肯定白念珠菌及短帚真菌可致指灰指甲。
灰指甲常由红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状表皮毛癣菌等引起，其他如许兰毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌、同心性毛癣菌都可引起甲癣。