1、手术拔甲：适于单发的灰指甲，在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，由于“治标不治本”，临床极少使用。而且心脏病、高血压、糖尿病等的患者，不宜手术治疗。这是灰指甲的治疗方法之一。
2、内服药物：适于多个指（趾）甲同时患病者，此法在临床上早有应用，如特比萘芬片、灰黄霉素及酮康唑均有一定疗效，且方便。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，有副作用，且停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规治疗药物。
3、外用疗法：外用疗法较安全，一般无痛苦、是治疗灰指甲的首选疗法。根据药剂不同，主要有浸泡、局部涂药和封包削治等方法。这也是灰指甲的治疗方法。