灰指甲患者在患处涂抹外用药物是治疗灰指甲的常用方法，由于外用药物渗透性差，因此涂抹前应先将指甲磨薄，以发挥外用药物的最大杀菌效果。不同类型的灰指甲，磨指甲的程度也不相同。
1、分层型灰指甲：分层型灰指甲指甲明显出现指甲表层与指肉之间中空的现象。将指甲用温水浸泡几分钟，使用斜口指甲刀将分层区域的指甲表层修掉，修掉后，下面还有层薄薄的甲质与指肉紧密结合，使用磨甲工具将这层甲质磨平即可。
2、增厚型灰指甲：增厚型灰指甲指甲整体出现增厚、色泽异常的现象，部分患者还伴随指甲表层破损、针孔洞、甲纹等情况。修甲时，参考正常指甲的厚度，使用磨甲工具来磨平指甲，情况严重者，可使用斜口指甲刀先挑剪指甲表层，挑剪完后，再使用磨甲工具磨平。
特别提示：灰指甲患者整个指甲及周边皮肤都存在真菌，应全甲上药，坚持修甲上药20天后，甲床病菌浓度降低到一定数值，慢慢长出来的时间才趋于健康，如应用很长时间都无效果，应及时咨询医生更换其他药物。