在宗教信仰方面，怒族人民仍保留较多的原始宗教，相信万物有灵，奉行自然崇拜，遇病遭灾时，要进行杀牲祭鬼等巫术祭祀活动。各氏族的名称，都以一种动物为标志命名，并在关于其氏族起源的传说中，把标志氏族名称的动物看成是与本氏族同源或有着特殊的亲属关系，明显地表现出图腾崇拜的遗迹。如居住在碧江县一区九村的“斗霍人”，又称为“别阿起”。“别阿”意为“蜂”，“起”意为“氏族”，其意即“蜂氏族”。相传其祖先茂英充是从天上飞来的一群蜜蜂变成的一个女人。又传说是蜂与蛇交配而生下茂英充始祖。如“达霍人”，又称“拉起”。“拉”为“虎”，意为“虎氏族”。传说“达霍人”是老虎的后代，因而有“虎不吃虎族人”之说。部分怒族信仰喇嘛教或天主教。
在各种鬼神中，最大的鬼是家鬼，通常在人病危或遇到凶难时以牛或猪为牺牲祭祀。属于自然神灵的有山鬼“米枯于”和水鬼“独获于”，它们分别主宰着农耕和狩猎。实际身份是农神和猎神，因此，每年耕作和狩猎季节来临之时必然祭祀。还有一种天地鬼，怒语叫做“冻尼”。天鬼是男的，住在天上，据说天的最高一层有一个圆壳似的东西就是他；地鬼是女的，住在地下，据说地的最下一层也有一个圆壳似的东西就是她。
“耀于”、“衣于”、“梅阿于”、“米拖于”等属于崇鬼，它们总是把灾难和疾病带给人们，甚至把人们的魂魄摄去，人们煮酒杀牲祭祀它们，希望它们不要来人间作崇。此外还有树鬼、路鬼、战鬼、瘟鬼等鬼神，每年都能享受祭祀。
与这种自然崇拜、鬼神崇拜相适应，巫师成了鬼之间的精神桥梁。碧江怒族称巫师为“米亚楼”或“禹古苏”；福贡怒语称之为“尼玛”或“达施”；贡山北部同称为“纳木沙”。巫师不仅主持各种宗教仪式，从事占卜和驱鬼活动，而且还兼巫医，替人治病，他们大多熟悉本民族的历史，熟知本家族和本民族成员各代祖先的谱系，是本民族的历史和知识的传播者。一些较大的巫师同时也是氏族或村社的头人。