蛇属于陆栖脊椎动物，内部结构比较完善。这里只介绍与人工养殖有关的消化系统和生殖系统两个部分。
(一）消化系统
蛇类具有完整的消化道和消化腺。
消化道由口、食管、胃、十二指肠、小肠、直肠组成。口内有牙齿着生，牙一般呈锥状，且略向内弯曲。有些蛇上颌缘少数牙较长，多为毒牙，具有毒牙的蛇叫毒蛇。毒牙通过毒腺管和毒腺相通（图2_7)。毒腺是唾液腺变态而成，蛇张口咬物时，毒腺周围的肌肉紧张收缩，毒液便沿着导管进入毒牙内，再经毒牙的沟或管输人被咬对象的伤口内。蛇舌为肌肉质，前端分叉，舌上无味蕾，所以无味觉作用。舌经常由上颌前方中央的缺口向外伸出，由于其上布满黏液，周围环境中的“气味”化学分子便吸附其上，然后送人口腔顶部的“犁鼻器”中，由此而产生嗅觉。
蛇的食管较长，其下端膨大为胃。胃呈长管状，与食管无明显的界限。胃后为一段弯曲的十二指肠，胰胆均有管开口其内。紧接着为盘绕的小肠，小肠的功能和其他动物一样，消化食物，吸收养料。消化不了的残渣，进人直肠通过泄殖腔排出体外。蛇类的大肠和泄殖腔均有重新吸收水分的功能，以减少水分的散失。
消化腺包括肝脏和胰腺，肝脏呈长条形，位于胃的一侧，肝脏是蛇体内的消毒器官，同时分泌胆汁，储存于胆囊内。胆囊紧靠着肝脏，它借胆管与肝脏相连，胰脏位于胆囊之后，它们分别经胆管和胰液管开口于十二指肠内。胆汁和胰液能和消化道分泌的各种酶一起，消化食物。
(二）生殖系统
蛇是雌雄异体动物。除少数种类的色斑两性有异之外，一般从外形上不易区分。鉴别雌雄的简单方法是比较尾部的粗细和长短。雄蛇尾基部较粗（靠近肛孔）而尾略长；雌蛇尾基部突然变细而尾短。蛇类是雌雄异体的羊膜动物。
雄蛇有睾丸一对，位于腹腔稍后，为淡色卵圆形器官。靠近睾丸内侧有一附睾，为储存和排送精子的器官。盘曲的输精管最后通入泄殖腔。交接器一对，呈囊状，称为半阴茎，平时并排藏于泄殖蛇的泄殖系统腔内，交接器由泄殖腔的壁特化而成，类似两个口袋，平时倒向体内，在其壁上分布有丰富的血管。在交配前，由于性刺激，囊壁上的血管迅速充血，交配器立即从里翻转突出泄殖腔外，形成顶端略为分叉而整个呈圆柱状的交配器，在其上有一条纵向沟，这条纵沟能临时闭合成细长管道，在交配时，雄蛇把交配器插入雌蛇体内，将精子送入到雌蛇的泄殖腔内，使成熟的卵受精。雄性虽然有两个交配器，但每次只有一个交配器突出泄殖腔外.两个交配器轮流使用。
雌蛇有卵巢一对，其位置与雄蛇的睾丸相当。成对的输卵管，其前扩张为喇叭口，后端分别通人泄殖腔。卵子成熟后，经喇叭口而掉入输卵管内，此处若遇到精子，则在输卵管内受精，成为受精卵。受精卵通过泄殖腔排出体外。
大多数蛇为卵生，即受精卵排出体外，在外界孵化出幼蛇。少数蛇为卵胎生，如蝮蛇类，其受精卵不排出体外，而在输卵管末端的膨大部分即子宫内孵化。胚胎发育所需营养物质由卵供给，与母体无关，幼蛇孵化出后，从泄殖腔产出。